杂交捕获与扩增子技术对比：FoundationOne?CDx在非小细胞肺癌可干预变异检测中的覆盖优势

《The Oncologist》：Coverage of Actionable Alterations In Non-Small Cell Lung Cancer by Hybrid Capture-Based FoundationOne?CDx Compared With Amplicon-based Oncomine? DX

本研究针对非小细胞肺癌（NSCLC）基因组检测中不同技术对可干预生物标志物的覆盖差异，系统比较了杂交捕获法FoundationOne?CDx（F1CDx）与扩增子法Oncomine Dx靶向测试（ODxTT）的检测效能。结果显示，F1CDx可识别包括TMB≥10 muts/Mb、MSI-H及ALK/MET/NTRK融合等ODxTT未覆盖的靶点，42%的样本可能因技术局限遗漏关键治疗信息，凸显全面基因组测序在精准治疗决策中的必要性。

　　

肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因，其中非小细胞肺癌（NSCLC）占绝大多数。随着精准医学的发展，针对特定驱动基因变异的靶向药物和免疫检查点抑制剂已显著改善晚期NSCLC患者的生存预后。然而，有效应用这些疗法的前提是准确、全面地检测肿瘤基因组中的可干预生物标志物。目前，基于下一代测序（NGS）的全面基因组分析（CGP）已成为晚期NSCLC的标准诊断工具，但其技术路径主要分为杂交捕获（Hybrid Capture）和扩增子（Amplicon-based）两类，二者在基因覆盖范围、检测灵敏度及标志物类型识别能力上存在差异。因此，明确不同NGS技术的临床检测效能边界，对于优化治疗策略、避免漏检关键靶点具有紧迫的现实意义。

为系统评估不同NGS技术平台在真实世界临床实践中的表现，由Foundation Medicine公司研究人员主导的这项研究，回顾性分析了55,999例NSCLC组织样本经FoundationOne?CDx（F1CDx）检测的基因组数据，并将其与Oncomine Dx靶向测试（ODxTT）的公开覆盖范围进行比对。研究旨在量化两种方法在可干预生物标志物检出率的差异，重点包括FDA批准或NCCN指南推荐的基因变异、肿瘤突变负荷（TMB）及微卫星不稳定性高（MSI-H）状态。该研究发表于《The Oncologist》期刊，为临床选择最优基因组检测方案提供了重要证据。

研究采用的主要技术方法包括：基于杂交捕获的全面基因组分析（F1CDx检测），覆盖324个基因的DNA序列变异、基因重排、拷贝数变异及基因组标志物（TMB、MSI-H）；基于扩增子法的ODxTT检测（美国版）覆盖23个DNA基因及ROS1 RNA融合；通过规则比对法（依据ODxTT官方技术说明书）模拟其理论检出能力；样本来源于2018年1月至2022年6月期间Foundation Medicine接收的55,999例NSCLC福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本，所有分析均通过质量控管并经伦理审查批准。

频率分析显示F1CDx检出更广泛的靶点谱

在55,999例样本中，F1CDx检测到KRAS突变（12%）、EGFR突变（11%）、MET突变（4%）、ERBB2突变（4%）、ALK重排（2%）、BRAF V600E（1%）、RET融合（0.7%）、ROS1融合（0.6%）、NTRK1/2/3融合（0.2%），以及TMB≥10 muts/Mb（34%）和MSI-H（0.4%）。这些变异均对应已获批或指南推荐的靶向或免疫治疗方案，凸显其在临床决策中的直接价值。

ODxTT存在显著检测盲区

对比分析揭示，ODxTT可完全覆盖BRAF V600E及KRAS G12C等点突变，但对其他关键标志物的检出存在局限：仅覆盖83%的EGFR突变、76%的RET融合、74%的ROS1融合及38%的ERBB2突变，且完全无法检测ALK、MET exon14跳跃突变、NTRK融合、TMB及MSI-H。总体而言，ODxTT可能漏检64%（26,134/40,618）经F1CDx检出的可干预变异。

样本层面漏检风险高达42%

在个体患者层面，若仅使用ODxTT检测，42%（23,934/55,999）的样本将至少遗漏一个F1CDx可报告的可干预生物标志物。其中，TMB≥10 muts/Mb（34%）、MET突变（4%）、ALK重排（2%）及MSI-H（0.4%）是主要漏检类型，这意味着近半数患者可能因技术选择而错失靶向或免疫治疗机会。

本研究通过大规模真实世界数据验证了杂交捕获技术相较于扩增子法在NSCLC基因组检测中的全面性优势。F1CDx不仅覆盖更广泛的基因变异类型（如融合、扩增、TMB/MSI-H），且能有效识别ODxTT无法检测的稀有驱动事件。这一发现强调，在临床实践中采用综合性基因组分析平台有助于最大化患者获益，避免因面板限制导致的治疗机会流失。未来需进一步探索不同NGS技术在泛瘤种中的应用差异，以推动精准医疗的标准化进程。