在细胞、组织和生物流体的非靶向代谢组学分析中，峰值选取策略中生物标志物识别的差异

《Journal of Proteome Research》：Discrepancies in Biomarker Identification in Peak Picking Strategies in Untargeted Metabolomics Analyses of Cells, Tissues, and Biofluids

非靶向代谢组学中不同峰提取工具对生物标志物识别的影响。本研究比较了XCMS和MZmine 2在癌症样本分析中的性能，发现两者在代谢物检测数量、定性与后续生物标志物研究上存在显著差异，强调工具选择的重要性。

　　

在非靶向代谢组学中，有多种软件和算法可用于峰值提取，每种方法都有其优势和局限性。峰值提取方法的选择会显著影响最终结果，包括检测到的代谢物的数量和种类、它们的定量以及后续的生物标志物分析。在不同工具进行非靶向代谢组学生物标志物研究时，峰值提取的影响往往被低估了。本研究比较了两种流行的开源软件工具——XCMS和MZmine 2——在癌细胞、组织和生物流体非靶向代谢组学中的峰值提取应用。通过空白特征过滤（BFF）对数据进行处理后，我们评估了这些峰值提取算法对生物标志物识别的影响。无论样本类型、溶剂梯度阶段、保留时间或质荷比（m/z）的容忍度如何，XCMS和MZmine 2得到的结果都存在显著差异。值得注意的是，该研究揭示了在经过BFF处理后，不同峰值提取工具在代谢物基生物标志物分析中的显著分歧，并强调了仔细评估和选择合适的峰值提取工具对于确保非靶向代谢组学研究结果的可靠性和准确性的重要性。