从星斑比目鱼（Platichthys stellatus）中分离出的Streptococcus parauberis的基因组与表型特征研究：首次全基因组分析、致病性评估及抗菌素耐药性分析

《Journal of Fish Diseases》：Genomic and Phenotypic Characterisation of Streptococcus parauberis Isolated From Starry Flounder (Platichthys stellatus): First Whole-Genome Analysis, Pathogenicity Assessment, and Antimicrobial Resistance Profiling

Streptococcus parauberis 在星斑鲈鱼大规模死亡中的致病性、抗生素耐药基因与血清型关联研究。通过 Spa 引物鉴定 31 株病原菌，证实其致病性并比较基因组特征，发现所有菌株为血清型 Ia 和 γ-溶血，携带 tet(S) 基因，erm(B) 基因在农场 C 中缺失，gapC/hasC 基因普遍存在，且耐药性模式与基因型相关。

　　

摘要

Streptococcus parauberis 被认为是海洋水产养殖物种中的主要病原体。该病原体已在韩国的 Platichthys stellatus 养殖场中被发现。为了研究导致大量死亡的致病因子，在浦项的三个养殖场进行了每月一次的疾病监测。使用 Spa 引物共分离出 31 株 S. parauberis。此外，为了确认 S. parauberis 的致病性，将 AD112410 菌株腹腔注射到星斑比目鱼体内，结果出现了剂量依赖性的死亡模式。对从星斑比目鱼中分离出的 AD112410 菌株进行了全基因组测序，并将其与其他从橄榄比目鱼中分离出的 S. parauberis 菌株进行了比较。所有 S. parauberis 菌株均被归类为血清型 Ia，并表现出 γ-溶血现象。PCR 检测显示所有养殖场中都存在 tet(S) 抗性基因，而 erm(B) 基因仅在 C 养殖场缺失。所有养殖场中都发现了毒力基因 (gapC 和 hasC)。所有菌株都对四环素和氧四环素具有抗性，而对红霉素和克林霉素的敏感性则取决于 erm(B) 基因的存在与否。这些发现不仅证明了 S. parauberis 与星斑比目鱼大量死亡之间的关联，还表明了血清型、抗生素抗性基因和抗生素敏感性之间的相关性。

利益冲突

作者声明没有利益冲突。

数据可用性声明

支持本研究结果的数据可在 NCBI 序列读取存档（SRA）中公开获取，网址为 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1275594，参考编号为 PRJNA1275594。FastQC（v0.11.7）可在 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 获取（访问日期：2022 年 7 月 22 日）。pbmm2（v12.1）可在 https://github.com/PacificBiosciences/pbmm2 获取（访问日期：2022 年 7 月 22 日）。ipdSummary 可在 https://github.com/PacificBiosciences/kineticsTool 获取（访问日期：2022 年 7 月 22 日）。motifMaker（SMRTLINK_13.1.0.221970）可在 https://github.com/wangdi2014/MotifMaker 获取（访问日期：2022 年 7 月 22 日）。pb-CpG-tools（v1.1.0）可在 https://github.com/PacificBiosciences/pb-CpG-tools 获取（访问日期：2022 年 7 月 22 日）。