《Journal of Responsible Technology》：Use of Synthetic Standard Peptides in Standardized Digests to Evaluate Both Sample and Instrument Suitability in Proteomics
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全蛋白酶解质谱系统可靠性评估方法研究。通过混合标准化样本（HeLa蛋白酶解+多肽参考混合物）构建质谱响应与下游鉴定结果（蛋白ID、肽组、PSM）的数学关联模型，建立基于离子丰度与鉴定数量的系统适用性阈值体系。
莱昂纳德·B·柯林斯（Leonard B. Collins）|陶菲卡·伊斯兰·威廉姆斯（Taufika Islam Williams）|亚历山德里亚·L·索恩（Alexandria L. Sohn）|杰奎琳·G·卡尔马（Jaclyn G. Kalmar）|迈克尔·S·贝雷曼（Michael S. Bereman）|大卫·C·马迪曼（David C. Muddiman）
分子、教育、技术与研究创新中心（METRIC），北卡罗来纳州立大学（North Carolina State University），地址：6798 North Carolina State University, Raleigh, North Carolina 27695, 美国
全蛋白质组消化产物通常用于诊断色谱仪和质谱仪的输出结果，以确保其适用于复杂样本的分析，但这种方法本身无法验证系统在不同“负载”条件下的可靠性。因此，我们需要一种可靠的、具有预测能力的工具，能够解释全蛋白质组分析过程中仪器响应和下游鉴定结果的变化。我们设计了一个实验，使用混合标准样品来开发这种工具，这可能会为自下而上的蛋白质组学研究带来一种新的系统适用性测试方法。我们将标准的HeLa蛋白消化产物与Promega 6 × 5 LC–MS/MS肽参考混合物结合，并进行稀释，以获得不同的样品质量负载和参考肽浓度。数据收集采用了数据依赖性（DDA）和数据独立性（DIA）采集方法，并将参考肽的峰值丰度与Proteome Discoverer软件识别的蛋白质数量（IDs）、肽组（PGs）以及肽谱匹配（PSMs）进行了关联。研究发现，随着6 × 5肽浓度的降低，HeLa蛋白消化产物中识别的蛋白质数量、肽组和肽谱匹配的数量也随之减少。通过将质谱仪测得的离子丰度数据与从复杂样本中获得的下游结果相结合，我们成功地利用这种混合标准样品数学定义了新的系统适用性阈值。
