基于可编程荧光适配体的RNA开关，用于快速识别点突变

《Nature Chemistry》：Programmable fluorescent aptamer-based RNA switches for rapid identification of point mutations

单核苷酸特异性检测技术FARSIGHTs基于RNA探针，可在5分钟内通过荧光信号区分SNP差异，灵敏度达attomolar级别，成功鉴别SARS-CoV-2 Omicron与其他变种，适用于即时诊断和个性化医疗。

　　

摘要

检测单核苷酸多态性（SNPs）的能力对于识别遗传疾病、评估病原体药物耐药性以及预防感染传播至关重要。在使用基于RNA的探针进行精确基因分型时，需要在序列特异性识别、RNA结构稳定性以及基于SNP诱导的变化的功能有效性之间取得微妙的平衡。本文报道了一种基于计算机模拟设计的适配体RNA开关，称为“用于单核苷酸特异性识别和基因分型的快速适配体报告系统”（FARSIGHTs），该系统能够以单核苷酸的特异性快速、低泄漏率且多重地识别几乎任何目标序列。FARSIGHT探针的激活仅需5分钟，且无需依赖上游扩增过程。将FARSIGHTs与等温扩增技术结合使用，可以通过强烈的荧光信号实现对极低浓度（阿托摩尔级别）单核苷酸突变的有效检测。我们通过临床唾液样本中的RNA成功区分了SARS-CoV-2的奥密克戎变种与阿尔法、贝塔和伽马变种，准确率达到100%。FARSIGHTs可以轻松重新编程以用于新兴病原体的基因分型，具有在即时传染病监测和个性化医疗应用中的潜在价值。