基于全基因组测序技术识别新生儿细菌感染及其影响因素

《JAMA Network Open》：Prospective Whole-Genome Sequencing to Identify Bacterial Transmission and Its Modifiers in Neonates

新生儿重症监护病房中51.8%的婴儿携带至少一种高耐药或高流行潜力细菌，其中34%的定植通过全基因组测序确认与传播相关。研究发现增加全日制护士数量（OR 0.28）和既往抗生素暴露（OR 0.41）可降低传播风险，而血管导管使用（OR 1.65）会增加风险。

　　

关键点

问题：前瞻性全基因组测序能否识别新生儿重症监护病房（NICU）中的细菌传播事件及其相关因素？

研究结果：在这项队列研究中，51.8%的参与者被至少一种具有抗生素耐药性或流行潜力的细菌定植，其中34.0%的定植事件与细菌传播有关。增加全日制护士人数和之前的抗生素使用与降低传播相关定植的风险相关，而使用血管导管则与增加传播风险相关。

意义：这项研究表明，全基因组测序可以识别细菌传播事件，并有助于确定新生儿重症监护病房中定植的调节因素。

摘要

重要性：新生儿重症监护病房（NICU）中的婴儿容易感染多重耐药菌（MDRO+），这些细菌可能引发侵袭性感染。对MDRO+的传播菌株进行高分辨率分析有助于通过有针对性的感染预防措施来降低这些风险。

研究目的：评估全基因组测序在解决疑似MDRO+传播链方面的潜力，并确定相关风险因素。

研究设计、地点和参与者

暴露因素

：分析了时间依赖的患者和病房层面因素、医疗设备使用情况、护理工作量、侵入性操作、抗生素使用情况、MDRO+的流行率以及人员配置情况，以确定它们与传播链之间的关联。

主要结果和指标

：主要结果是MDRO+的传播，定义为通过扩增片段长度多态性或全基因组测序确认的细菌定植或侵袭。次要结果包括定植率、血流感染情况以及与传播相关的风险因素。

结果

：共有434名婴儿参与研究（中位妊娠期为34.6周 [IQR, 31.4-38.3周]；242名为男孩 [55.8%]；中位出生体重为2165克 [IQR, 1410-2965克]）。总体而言，225名婴儿（51.8% [95% CI, 47.1%-56.5%]）被至少一种MDRO+定植。在418次独立的定植事件中，有142次（34.0% [95% CI, 29.6%-38.6%）通过全基因组测序确认与细菌传播有关。共识别出37个传播簇，其中最常见的是大肠杆菌（n = 11）。10例MDRO+引起的血流感染中有4例（40.0%）与传播事件相关。增加全日制护士人数（比值比 [OR]，0.28 [95% CI, 0.21-0.38]；P < 0.001）和之前的抗生素使用（OR, 0.41 [95% CI, 0.26-0.63]；P < 0.001）与降低传播风险相关，而使用血管导管则与增加传播风险相关（OR, 1.65 [95% CI, 1.26-2.17]；P < 0.001）。

结论和相关性

：这项针对NICU婴儿的研究表明，细菌测序可以准确检测细菌传播事件。多变量分析显示，NICU中的细菌传播风险是可以被改变的。