香港零售肉类中非伤寒沙门氏菌的基因组流行病学与抗菌素耐药性：一项基于全基因组测序的综合性监测研究

《Food Research International》：Genomic epidemiology and antimicrobial resistance of nontyphoidal Salmonella in retail meats in Hong Kong: A comprehensive surveillance study using whole-genome sequencing

沙门氏菌在零售猪肉、牛肉和鸡肉中的高检出率（27.6%），尤其猪肉达50.6%，与本地临床病例血清型及耐药谱一致，揭示肉类供应链是耐药传播关键环节。研究采用WGS和药敏试验，发现多克隆传播及质粒介导耐药基因（如blaCTX-M-65），并建立临床与食品样本的遗传关联。需整合基因组监测应对耐药挑战。

　　这项研究探讨了非伤寒沙门氏菌（NTS）在零售肉类中的流行情况、血清型分布、耐药模式以及基因组关联性。NTS是一种重要的食源性病原体，其抗生素耐药性（AMR）的上升对治疗效果构成了威胁。尽管在某些地区，NTS已经不再是导致细菌性食源性疾病的主要原因，但在香港，它仍然是细菌性食源性爆发的主要原因。然而，关于其在零售肉类中的流行数据仍然有限。因此，本研究对2022年7月至2023年6月期间从香港各地收集的零售猪肉、牛肉和鸡肉样本进行了分析。

研究发现，总体的NTS检出率高达27.6%，尤其是在猪肉样本中（50.6%）和新鲜未冷藏肉类中（46.2%）。这些结果表明，NTS可能在屠宰过程中就已经污染，并且在非冷藏条件下更容易滋生。研究还发现，一些主要的血清型，如S. typhimurium、S. Rissen、S. Derby和S. London，这些血清型主要来自猪肉和牛肉，并且与本地人类临床病例中发现的高耐药性模式（如环丙沙星和头孢曲松）相吻合，突显了食品链与人类健康之间的紧密联系。此外，观察到多药耐药性（MDR）的比例高达68.7%，以及对关键抗生素如环丙沙星（69.6%）、头孢曲松（7.8%）和阿奇霉素（8.3%）的耐药性。

研究还利用全基因组测序（WGS）技术，分析了不同来源的NTS基因组，发现了多个基因相关性较强的簇，其中猪和牛肉相关的血清型主要表现出克隆传播，而鸡肉相关的血清型则主要与质粒介导的耐药基因有关。值得注意的是，某些簇显示出对多种一线抗生素的耐药性，这提示了从零售肉类向临床病例传播的担忧模式。本研究提供了重要的基础数据，并识别了食品来源与临床病例之间的高风险传播路径，强调了整合基因组监测对于应对香港食品供应链中的耐药性沙门氏菌的重要性。

研究结果显示，NTS在不同类型和状态的肉类中具有显著差异。猪肉的污染率最高，达到50.6%，而鸡肉和牛肉的污染率分别为20.1%和12.8%。新鲜肉类的NTS检出率也显著高于冷藏或冷冻肉类，这可能与非冷藏条件下的细菌生长有关。统计分析表明，肉类类型和状态对NTS的检出率有显著影响，尤其是在市场和生鲜供应店，这些地方通常在非冷藏条件下销售肉类，因此NTS的检出率较高。

在血清型分布方面，研究发现前十大血清型占所有分离株的87.8%，其中S. typhimurium、S. Rissen、S. Derby和S. London是最常见的血清型。这些血清型与本地临床病例中发现的血清型和耐药性模式一致，表明零售肉类的监测可以反映与这些血清型相关的临床负担。此外，研究还发现，不同类型的肉类（如牛肉和猪肉）和鸡肉之间存在显著的血清型差异，这可能与不同动物来源的NTS适应机制有关。

在耐药性方面，研究显示NTS对传统畜牧业抗生素（如氨苄西林、氯霉素和四环素）表现出较高的耐药性，其中68.7%的分离株被归类为多药耐药。特别值得注意的是，五种常见的血清型显示出对多种关键抗生素的耐药性，包括用于治疗侵袭性沙门氏菌感染的一线药物。基因型分析进一步揭示了耐药性基因的多样性，如头孢曲松耐药性与blaCTX-M基因变异相关，而喹诺酮类耐药性则与qnr基因（如qnrB6、qnrS1、qnrS2）以及特定的染色体突变（如gyrA D87Y/G和parC T57S）有关。

此外，研究还发现，不同血清型的耐药性模式存在显著差异。例如，S. typhimurium和S. London的耐药性模式显示出对多种抗生素的耐药性，而S. Derby和S. infantis的耐药性则较为有限。这些结果提示，耐药性基因的传播可能受到血清型特异性机制的限制，这为未来研究提供了方向。同时，研究也指出，由于本研究仅涵盖肉类样本，未包括蛋类，因此未能检测到与蛋类相关的主要血清型如S. enteritidis，这可能与该血清型在蛋类相关爆发中的重要性有关。

本研究的发现不仅揭示了NTS在食品供应链中的传播模式，还为制定有效的食品安全策略和整合基因组监测提供了重要依据。通过将食品和临床样本纳入分析，研究提供了更全面的视角，有助于识别和干预高风险传播路径。此外，研究还强调了对零售肉类进行持续监测的必要性，以应对抗生素耐药性沙门氏菌在全球范围内的挑战。这些发现对于理解NTS在食品链中的传播机制、评估公共卫生风险以及制定针对性的防控措施具有重要意义。