巴西东北部SARS-CoV-2的基因组学和流行病学特征分析：一项全面的研究（2020–2024年）

《Archives of Virology》：Genomic and epidemiological characterization of SARS-CoV-2 in Northeastern Brazil: a comprehensive analysis (2020–2024)

巴西东北部2020-2024年SARS-CoV-2传播特征及基因组演化研究。基于8442份基因组数据和疫情统计数据，揭示该地区经历五轮疫情波次，2024年初病例激增。城市地区（Recife、Jo?o Pessoa等）感染率和死亡率显著高于内陆，疫苗接种初剂率超80%但加强针接种率骤降。全基因组分析发现43,594个SNP和15,366个indels，主要突变集中在ORF1a、ORF1b、S和N基因。流行毒株呈现Gamma→Delta→Omicron（含BA.1/BA.2/BA.5/XBB.1.16/XBB.1.5）的演化路径，Delta和Gamma毒株占比最高。

　　

摘要

SARS-CoV-2于2019年12月在中国武汉出现，引发了历史上规模最大的病毒性呼吸道大流行之一。截至2025年2月1日，巴西报告了约3900万例确诊病例和超过71.4万例死亡病例。巴西的东北部地区包括阿拉戈斯州（Alagoas）、帕拉伊巴州（Paraíba）、伯南布哥州（Pernambuco）和北里奥格兰德州（Rio Grande do Norte），该地区具有显著的社会经济和地理多样性。了解SARS-CoV-2在该地区的传播情况，以及识别其传播模式、演变过程和致病性对于确定脆弱区域和制定有效干预措施至关重要。在本研究中，为了追踪SARS-CoV-2在巴西东北部的传播情况，我们分析了来自阿拉戈斯州、帕拉伊巴州、伯南布哥州和北里奥格兰德州? 8,442个SARS-CoV-2基因组序列，这些序列来自全球流感数据共享计划（GISAID）数据库。2020年至2024年的流行病学数据（病例数、死亡人数和疫苗接种记录）来自巴西卫生部（Ministério da Saúde）的冠状病毒研究小组，并与巴西地理统计局（IBGE，Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística）的信息进行了整合。流行病学分析显示，在2020年至2023年间共出现了三次主要感染和死亡高峰以及两次次要高峰，2024年初病例数显著增加。包括累西腓（PE）、若昂佩索阿（PB）、马塞约（AL）和纳塔尔（RN）在内的都市地区发病率和死亡率较高。疫苗接种数据显示，初次接种的接种率较高，但加强针的接种率显著下降。基因组特征分析显示，70.37%的基因组序列集中在都市地区。共检测到43,594个单核苷酸多态性（SNPs）和15,366个插入/缺失（indels）突变，这些突变主要集中在ORF1a、ORF1b、S和N基因上。谱系动态分析表明，Gamma、Delta和Omicron变种及其亚型BA.1、BA.2、BA.5、XBB.1.16和XBB.1.5依次出现并占据主导地位。系统发育分析显示，该地区存在27个不同的病毒谱系，其中Delta（AY.99.2）和Gamma（P.1）最为普遍。这些结果证明了整合流行病学和基因组数据对于持续监测和调整公共卫生策略的重要性。为改善疫情控制，必须解决诸如加强针接种率低以及基因组测序主要集中在城市中心等挑战。将基因组测序范围扩展到内陆地区将提供关于SARS-CoV-2传播的更详细信息。