布隆迪猴痘病毒Clade Ib分支的基因组监测与传播动态：2024年7-9月多源头输入与本土传播证据

《Communications Medicine》：Genomic monitoring and tracking of mpox virus clade Ib in Burundi between july to september 2024

本刊推荐：为应对2024年7月布隆迪爆发的MPXV Clade Ib疫情，研究团队通过全基因组测序技术对98例病例样本进行系统进化分析。结果表明病毒存在多次从刚果（金）南基伍省的独立输入事件，并检测到APOBEC-3介导的突变特征，证实了以人际传播为主的持续流行。该研究为东非地区猴痘病毒进化追踪提供了关键分子流行病学证据。

　　

2024年7月25日，布隆迪首次发现猴痘病毒（MPXV）Clade Ib分支感染病例，这个东非小国迅速成为刚果（金）之外受疫情影响最严重的地区之一。截至当年12月4日，该国确诊病例已达2447例，疫情蔓延至全国91.8%的卫生区域。与传统认知不同，此次Clade Ib疫情不仅通过动物传人，更展现出强大的人际传播能力，甚至出现了通过性接触传播的新特征。

在这场与时间的赛跑中，由布隆迪国家公共卫生研究所Néhémie Nzoyikorera博士与荷兰伊拉斯谟医学中心Bas B. Oude Munnink博士联合领导的国际团队，对疫情前三个月（7月23日至10月13日）的98例患者样本进行了全基因组测序。他们希望通过基因追踪术，揭开病毒传播路径的神秘面纱。研究发现，病毒并非单次闯入国境，而是通过至少三次独立的传播链从刚果（金）南基伍省潜入布隆迪，最早可能早在2024年5月就已开始隐秘传播。更令人警惕的是，病毒基因组中出现了73.8%的APOBEC-3突变特征，这是病毒在人际间持续传播的分子印记。

研究显示，疫情主要集中在人口稠密的布琼布拉市，特别是布琼布拉北部卫生区（70例），但病毒也扩散至卡扬扎（5例）、基伦巴（1例）等偏远地区。测序病例中59%为男性，87%为20岁以上成年人，这与全国范围内39.5%感染者为15岁以下儿童的情况形成鲜明对比，反映出测序样本主要来自成人患者的特点。

关键技术方法

研究团队采用实时PCR（Ct值<30）对水疱液拭子进行MPXV检测，使用QIAamp? DNA Mini Kit提取DNA，通过纳米孔测序技术（MinION Mk1C，R10.4.1流动槽）进行全基因组扩增子测序。利用squirrel软件进行序列比对（采用WHO协作组推荐的Clade I掩蔽方案），IQ-TREE进行系统发育分析（K3Pu+F+I模型），BEAST2进行贝叶斯进化分析（严格分子钟+恒定规模先验），以追溯病毒传播路径和进化历史。

病毒传播路径揭秘

通过系统发育分析发现，所有布隆迪序列均与刚果（金）病例同源，但形成多个独立分支。样本362因有刚果（金）旅行史而呈现独特聚类，证实为独立输入病例。贝叶斯进化分析进一步显示，病毒最早可能于2024年5月（95%置信区间为4月中旬至6月中旬）已进入布隆迪，远早于7月25日的首次发现时间。

三大传播集群的兴衰

研究识别出三个主要传播集群：最大集群包含77个序列，7月23日首次发现于布琼布拉北部，随后扩散至吉泰加、卡贝齐等6个省；另外两个小集群同样起源于布琼布拉北部，其中一个包含5个序列未向外省扩散，另一个则传播至布琼布拉中心、基伦巴等地。至9月，仅剩两个主要集群仍在传播。

病毒进化的蛛丝马迹

与2022年全球Clade IIb疫情中出现的3.4%基因组重排率不同，本次研究的98个Clade Ib序列均未发现基因组重排现象。但病毒在D14L基因位点存在约1140bp的缺失，该基因与Clade Ia病毒的高毒力相关，类似缺失也见于Clade II病毒。

讨论与展望

尽管布隆迪自2023年10月已建立猴痘监测系统，但病毒可能因疾病污名化而悄然传播数月才被发现。与刚果（金）Clade Ib疫情1%的病死率相比，布隆迪仅报告1例死亡（0.04%），可能源于感染人群年龄差异、监测范围或合并症等因素。

该研究首次绘制了Clade Ib MPXV在布隆迪的传播图谱，证实病毒通过多次输入后建立本土传播链的扩散模式。未来需要更多来自邻国和近期时间点的基因组数据，以揭示跨国传播网络的全貌。这些发现为东非地区猴痘防控提供了关键科学依据，凸显基因组监测在传染病早期预警中的核心价值。