一种与食品相关的耐热醋酸杆菌（Acetobacter oryzifermentans）AAB5菌株的功能基因组学：应激反应的遗传决定因素、纤维素酶（CAZyme）库以及CRISPR-Cas系统

《Functional & Integrative Genomics》：Functional genomics of a food-related thermotolerant Acetobacter oryzifermentans strain AAB5: genetic determinants of stress response, CAZyme repertoire, and CRISPR-Cas system

嗜温菌Acetobacter oryzifermentans AAB5基因组揭示其代谢多样性及工业发酵潜力，含2,986个CDSs，携带4个CRISPR阵列及罕见的I-F型CRISPR-Cas系统，并含17.7kb噬菌体区。基因组解析显示其拥有69个CAZyme基因，以GTs和GHs为主，支持纤维素合成、酚类降解及复杂碳水化合物利用，为传统酿造工艺提供新菌种资源。

　　

摘要

耐热菌株Acetobacter oryzifermentans AAB5最初是从未成熟的葡萄醋中分离出来的，其鉴定基于16S rRNA、recA基因以及全基因组测序。AAB5的基因组长度为2,969,314 bp，包含2,986个编码序列（CDSs）。基因组注释显示，该菌株拥有许多与代谢能力、耐热性及环境应激反应相关的基因。CRISPRCasFinder分析发现了四个CRISPR（规律间隔短回文重复序列）位点，比较基因组分析表明，与其他同种成员不同，AAB5携带的是I-F型CRISPR-Cas系统。此外，其基因组中还检测到一个17.7 kb的噬菌体区域。为了更深入地了解AAB5的发酵潜力，我们分析了其参与复杂碳水化合物合成、代谢和识别的碳水化合物活性酶（CAZymes）基因。该基因组编码了69种CAZymes，其中以糖基转移酶（GTs）为主，其次是糖苷水解酶（GHs）。这些基因使得该菌株具备生产细菌纤维素、生物转化废弃物、降解酚类化合物以及利用多种复杂碳水化合物来源（包括淀粉衍生物、葡聚糖和海藻糖）的能力。AAB5的基因组结构凸显了其代谢的多样性，以及其作为传统醋发酵功能性工业菌种的潜力。