在拥挤、受限的条件下，促进限制酶EcoRV沿DNA的扩散

《Soft Matter》：Facilitated diffusion of restriction enzyme EcoRV along DNA in crowded, confined conditions

纳米颗粒拥挤效应改变DNA结构影响限制酶扩散机制研究，揭示DNA在纳米流道中的横向波动和壁偏转特性，临界浓度下DNA压缩成致密态，拥挤通过限制酶-DNA解离和增加介质粘度抑制扩散，结合认知位点识别等调控因素阐明DNA目标搜索机制及染色体组织调控。

　　

蛋白质的移动性是调控细胞基本过程的核心因素。在这里，我们通过使用荧光显微镜追踪限制性内切酶EcoRV在单链DNA分子上的运动轨迹，揭示了右旋糖酐纳米颗粒造成的大分子拥挤如何改变其扩散行为。DNA被限制在横截面为60纳米的纳米流体通道中，在这种环境下，DNA会表现出横向波动和通道壁的变形。当右旋糖酐浓度超过某个临界值时，DNA分子会凝聚成紧密的状态。在发生这种凝聚之前，由于介质粘度的增加，大分子拥挤显著降低了EcoRV的移动性，限制了其与DNA的解离以及长距离的移动。结合其他调控因素（如特异性位点识别、DNA甲基化以及离子条件），这些发现为DNA目标分子的搜索机制提供了新的见解，并揭示了纳米尺度上的拥挤如何影响染色体的结构。