Kocuria flava NIO_001的基因组组装、分析与挖掘：这是一种从海洋海绵中分离出的能够合成硫肽类抗生素的细菌

《Genetics in Medicine Open》：Genome assembly, analysis, and mining of Kocuria flava NIO_001: a thiopeptide antibiotic synthesizing bacterium isolated from marine sponge

基因组挖掘确认Kocuria flava NIO_001产生抗生素kocurin/PM181104，并发现9个BGCs涉及RiPP-like、NRPS-like等次生代谢产物合成，同时揭示terpenoid合成及溶血素样蛋白存在。

　　

Kartik Juyal|Heena Devkar|Aabha Deshpande|Narsinh L. Thakur

28955印度果阿多纳保拉，CSIR-国家海洋学研究所，化学海洋学部门

近年来，基因组挖掘已成为寻找编码次级代谢产物的生物合成基因簇（BGCs）的关键策略。放线菌是海洋栖息地中重要的细菌类群之一，以其能够产生高价值的次级代谢产物而闻名。Kocuria 就是一种这样的革兰氏阳性细菌，据报道它能产生强效的抗菌分子 kocurin/PM181104。本研究的目的是确认 Kocuria flava NIO_001 能够产生 kocurin/PM181104，并对其基因组进行测序、组装和挖掘。AntiSMASH 分析预测了与 kocurin 产生相关的生物合成基因簇，以及另外八个具有潜在次级代谢产物生成能力的基因簇，包括非α-多胺类化合物（如 e-聚赖氨酸 NAPAA）、核糖体合成并经过翻译后修饰的肽类（如 RiPP 类）、非核糖体肽合成酶类（如 NRPS 类）、独立于 NRPS 的 IucA/IucC 类铁载体（NI-铁载体）、III 型聚酮合成酶（T3PKS）、ε-聚赖氨酸（NAPAA）、萜类化合物和β-内酯类化合物。京都基因与基因组百科全书中的通路分析显示，该细菌含有参与萜类骨架合成的生物合成途径以及某些类似溶血素的蛋白质。这项研究对于利用逆向工程方法设计实验以大量生产这种强效抗生素分子具有极高的价值。