埃梅丁（Emetine）与DNA结合的光谱学研究

《Journal of Medicinal Chemistry》：Spectroscopic Investigation of Emetine–DNA Binding

Emetine与DNA的相互作用机制研究：通过UV-Vis、FTIR及分子对接分析，发现Emetine与DNA形成稳定结合（K=1.10×10? M?1，ΔG°=-8.26 kcal·mol?1），主要位于minor groove，通过氢键和π-π堆积作用结合，验证了非共价结合模型。

　　

埃米丁（Emetine）是一种具有广泛药理活性的天然异喹啉生物碱，它通过特定的非共价机制与DNA相互作用。本研究利用紫外-可见光谱（UV–vis spectroscopy）、傅里叶变换红外光谱（FTIR spectroscopy）和分子对接（molecular docking）技术，探讨了埃米丁与DNA结合的方式及能量机制。紫外-可见光谱数据显示，在DNA滴定过程中出现了明显的吸光度降低（hypochromic shift）和吸光度增加（bathochromic shift）现象，这表明色素基团与碱基对之间存在强烈的相互作用。结合常数（K = 1.10 × 10^6 M^–1）和吉布斯自由能（ΔG° = ?8.26 kcal·mol^–1）进一步证实了这种相互作用的自发性和中等强度。傅里叶变换红外光谱分析揭示了鸟嘌呤（guanine）和磷酸基团（phosphate）振动的改变，这些变化与氢键形成及π–π堆积效应一致。通过对B型DNA（PDB：1BNA）进行的分子对接模拟，发现了一种低能量结合构象（ΔG = ?7.13 kcal·mol^–1），在这种构象中，埃米丁位于DNA的小沟（minor groove）内，并与鸟嘌呤的DG4位点形成氢键。综上所述，光谱学和计算数据共同支持了埃米丁通过DNA小沟结合的机制，为未来高分辨率结构研究奠定了基础。