拉沙病毒的基因组多样性及其进化机制：一种全面的研究方法，揭示了跨谱系疫苗开发的潜在靶点

《Archives of Virology》：Genome diversity and evolutionary understanding of Lassa virus: a holistic approach highlighting a potential target for cross-lineage vaccine development

Lassa病毒ORF序列分析显示其遗传多样性较高，通过排除不确定核苷酸提升研究准确性，确定七个谱系分类。谱系VI（KT992435.1_KAK-428）与所有其他谱系亲缘关系更近，可能保留祖先特征，其宿主Hylomyscus pamfi的进化意义值得研究。GP基因在谱系IV/V中发现独特密码子插入，抗原性评分0.66较低，但所有谱系代表均非过敏原/毒性且表位保守性≥90%。基于遗传分歧、抗原变异及表位保守性，建议谱系VI作为广谱疫苗开发的靶点。

　　

摘要

以往关于拉沙病毒（LASV）遗传多样性的研究往往依赖于包含未确定核苷酸的序列。在本研究中，我们分析了不含未确定核苷酸的开读框（ORF）序列，从而更准确地评估了LASV的多样性。计算出的成对序列同一性分别为：聚合酶基因≥68%，核蛋白（NP）基因≥74%，糖蛋白（GP）基因≥75%。LASV菌株被分为七个已确定的谱系。值得注意的是，第六谱系（以菌株KT992435.1_KAK-428为代表）与其他所有谱系在系统发育上具有相关性，这表明它可能保留了祖先特征。这一观察结果突显了其啮齿动物宿主Hylomyscus pamfi.的潜在进化意义。对GP基因进行的多序列比对发现，仅在第四和第五谱系中存在一个独特的密码子插入。这两个谱系的GP基因预测的抗原性得分为0.66，低于其他谱系的最大得分。尽管如此，所有谱系的代表都被预测为无致敏性和无毒性的，并且具有中等密度的B细胞和T细胞表位，这些表位的保守性≥90%。鉴于观察到的遗传差异、抗原变异和表位保守性，第六谱系（KAK-428）被提议作为开发广谱保护性LASV疫苗的潜在目标。