利用基于结构的虚拟筛选、分子对接和分子动力学模拟方法，鉴定针对EGFR激酶结构域的新候选化合物分子

《Journal of Receptors and Signal Transduction》：Identification of novel lead molecules against the EGFR kinase domain using structure-based virtual screening, molecular docking, and molecular dynamics simulations

EGFR的DFG构象差异及新型靶向药物研究：通过分子对接、MM/GBSA和MD模拟发现候选分子1在EGFR活性构象（DFGin）中具有更高亲和力与稳定性，优于现有药物。

　　

摘要

表皮生长因子受体（EGFR）是一种属于受体酪氨酸激酶（RTK）超家族的跨膜蛋白，已被证明是治疗多种恶性肿瘤的有前景的抗癌靶点。先前在细胞和动物模型中进行的研究表明，在细胞转化的早期阶段，EGFR的表达存在差异。此外，一项关于人类癌症相关样本中EGFR基因启动子甲基化情况的未发表研究显示，EGFR基因的表达显著增加，这提示肿瘤中存在表观遗传学上的上调现象。基于这些发现，在本研究中，我们选择了EGFR的非活性形式（DFGout，其中D代表天冬氨酸、F代表苯丙氨酸、G代表甘氨酸）和活性形式（DFGin），以寻找针对异常EGFR活性的新型先导分子。我们采用了超高精度（XP）对接技术、分子力学/广义布恩表面面积（MM/GBSA）方法、分子动力学（MD）模拟以及ADME/T分析，结果表明，每个靶点的先导分子1都表现出比现有配体更强的结合亲和力和更好的稳定性。