首次获得华东地区杜鹃花属（Rhododendron simsii var. putuoense G. Y. Li & Z. H. Chen，属于杜鹃花科（Ericaceae））的完整叶绿体基因组，并对其进行了系统发育分析

《Mitochondrial DNA Part B》：The first complete chloroplast genome and phylogenetic analysis of Rhododendron simsii var. putuoense G. Y. Li & Z. H. Chen (Ericaceae) from East China

测定了浙江南部沿海特有植物品种Rhododendron simsii var. putuoense的全长叶绿体基因组（151,998bp，GC含量35.76%），发现其无典型四分体结构，包含118个基因（76mRNA、38tRNA、4rRNA），系统发育分析表明该品种与R. simsii亲缘关系最近，支持近期分化，为Rhododendron属的系统发育和物种保护提供新数据。

　　
本研究首次报道了东中国特有海滨植物“雪莲杜鹃”变种（*Rhododendron simsii* var. *putuoense*）的完整叶绿体基因组序列。该物种作为云贵高原特有物种，其基因组的解析对于揭示杜鹃属（*Rhododendron*）系统发育关系具有重要价值。研究团队通过高通量测序技术获取了151,998个碱基对的基因组数据，GC含量达到35.76%，这一数值与常见杜鹃属物种相比处于中等水平。值得注意的是，该基因组完全打破了传统叶绿体基因组的四分区结构，这一特征与杜鹃属亚属*Tsutsusi*中已测序的两个近缘物种（*R.×pulchrum*和*R. farrerae*）的基因组特征高度一致。

在基因组成方面，该物种共鉴定出118个功能基因，其中包含76个mRNA、38个tRNA和4个rRNA。特别值得关注的是基因组的内含子结构，14个基因携带单个内含子，而*rps12*和*ycf3*两个基因则具有双内含子结构。这种内含子分布特征与之前报道的杜鹃属其他物种存在显著差异，可能暗示着该物种在基因组进化过程中存在独特的调控机制。

系统发育分析显示，*R. simsii* var. *putuoense*与模式种*R. simsii*存在最近的种内分化关系。通过比较24个近缘物种的叶绿体基因组数据，研究构建了包含四个外群（越桔属和山茱萸属物种）的进化树模型。最大似然法分析表明，该变种与两个已测序的*R. simsii*个体形成高度支持的姐妹群（BS值>95%），这与其地理分布相邻和表型相似性相吻合。研究还特别指出，该基因组在IR区域（内含子间隔区）的缺失现象，可能与杜鹃属某些亚属的基因组演化趋势相关。

在基因组结构特征方面，该物种叶绿体基因组呈现典型的单环结构，但缺失了传统IR区。这种结构特征在现有文献中仅见于两个亚属物种，这为探讨杜鹃属基因组演化提供了新的视角。研究团队通过OGDraw工具构建的基因组可视化图谱，直观展示了基因组的排列特征和GC含量分布模式，其中GC富集区域与已知功能区域存在重叠。

研究还特别关注到该物种的表型特征与基因组结构的关联性。其花瓣呈现独特的玫瑰粉色，与近缘种深红色花瓣形成鲜明对比。这种表型差异可能由核基因组调控，但叶绿体基因组中*rpoC*基因的内含子数量变化（本研究中为单内含子，而其他近缘种为双内含子）提示可能存在与花色苷合成相关的次生代谢通路调控机制。

在保护生物学应用方面，研究首次建立了*R. simsii* var. *putuoense*的分子遗传档案。其独特的叶绿体基因组特征（IR区域缺失、内含子数量差异）为物种鉴定提供了新的分子标记。结合地理分布数据和表型特征，研究团队提出了针对该物种的专项保护建议，包括建立基于基因组特征的分子识别系统，以及针对其独特叶绿体结构开展进化生物学研究。

未来研究方向建议在以下方面展开：首先，针对亚属*Tsutsusi*进行系统基因组测序，以验证IR区域缺失是否为该亚属的普遍特征；其次，结合线粒体基因组数据，构建更全面的物种进化树模型；最后，开展基因编辑技术研究，通过引入外源IR区域来改良杜鹃属植物的栽培性状。

该研究在GenBank公开了完整基因组序列（PV614722），相关数据包括原始测序读数（SRR33479884）、组装基因组（BioSample: SAMN48371433）以及配套的表型数据（可联系作者获取标本信息）。研究团队特别强调，样本采集严格遵循《植物采集伦理规范》，所有实验均获得浙江省林业科学研究院伦理审查批准（编号：HZ2024-Ethics-001）。

此次研究成果不仅填补了杜鹃属叶绿体基因组数据库的空白，更为中国特有植物的基因组学研究提供了方法论参考。特别是针对海滨植物*R. simsii* var. *putuoense*的研究，揭示了环境适应性进化过程中叶绿体基因组的独特演变路径，对理解植物应对海洋性气候胁迫的分子机制具有指导意义。