基于SNP的种质库遗传多样性分析，用于建立热带水果Hancornia speciosa的核心种质资源库

《Tree Genetics & Genomes》：SNP-based genetic diversity of a network of germplasm banks to establish a core collection for the tropical fruit Hancornia speciosa

本研究利用SNP标记通过DArTSeq技术评估了巴西Hancornia speciosa种质资源遗传多样性和群体结构。分析508份种质发现，三个种质库间存在显著遗传分化（Fst=0.221），组内近交严重，可能由瓦氏效应引起。构建了138份核心种质（覆盖98%遗传多样性），但需补充采样以完善遗传资源。

　　

摘要

Hancornia speciosa是一种原产于巴西的热带水果，也是重要的食物资源。其果实以天然形式、冷冻果浆或冰淇淋的形式进行销售，是维生素C、E、叶酸和类胡萝卜素的极佳来源。尽管该物种具有重要的经济价值，但目前仍主要通过采集野生种群的方式进行开发，尚未培育出任何商业品种。目前，已经通过收集来自巴西大西洋森林和塞拉多生物群落不同地区的种子及无性繁殖材料，建立了一个种质资源库网络。然而，用于维护和评估所有种质资源以进行植物育种的资源十分有限。我们利用由DArTSeq生成的SNP标记，对保存在三个种质库中的508份Hancornia speciosa植株样本的遗传多样性和群体结构进行了分析，并提出了一个核心样本集，以便开展表型特征研究。研究发现不同种质库之间存在显著的遗传差异（Fst值为0.221），每个种质库内的遗传多样性中等，且存在较高的近交现象，这可能是由于种质库内部的亚群结构导致的（因为遗传样本来自不同的野生种群）。结构分析将大部分种质样本归为两个遗传群体，但也观察到一些混合个体。我们建议建立一个包含138份样本的核心样本集（占总样本的27.11%），该样本集涵盖了种质资源库中98%的遗传多样性。虽然所提出的核心样本集能够充分代表当前保存的遗传多样性，但研究结果提示仍需对尚未调查的野生种群进行进一步采样。