计算方法鉴定狐尾粟（Setaria italica）中与微量营养素（铁和锌）缺乏相关的miRNA及其靶基因

《Vegetos》：Computational identification of micro-nutrient (iron and zinc) deficiency related miRNAs and their targets in foxtail millet (Setaria italica)

本研究旨在鉴定高粱中与铁、铜、锌缺乏相关的miRNA，通过BLASTn比对、mfold预测二级结构、psRNATarget确定靶基因及PPI分析功能，发现sit-miR171、sit-miR169、sit-miR166显著参与调控植物对Fe和Zn缺乏的反应，并通过系统发育分析验证了其同源关系，为作物改良提供理论基础。

　　

摘要

本研究旨在寻找与狐尾粟（Setaria italica）中铁（Fe）、铜（Cu）和锌（Zn）缺乏水平相关的微小RNA（miRNAs）。在将序列与NCBI和Ensembl Plants中提供的基因组资源进行BLASTn比对之前，本研究使用了miRBase数据库中的完整且成熟的miRNA序列。通过mfold工具预测了这些序列的二级结构，并利用“编码潜力计算器（CPC）”评估了它们的编码潜力。随后，“psRNATarget”预测工具确定了这些miRNAs的目标基因，而蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）则揭示了它们的功能组成。本研究发现，sit-miR171、sit-miR169和sit-miR166是重要的miRNAs，它们似乎能够调控植物对铁和锌缺乏的反应。此外，系统发育学研究表明，sit-miR171、sit-miR169和sit-miR166的前体序列在Setaria italica中与其相应的同源基因明显聚集，具有很强的自举支持度（100%）。该研究为植物微量营养素胁迫调控网络提供了见解，为未来的作物改良工作奠定了基础，并强调了实验验证的必要性。