传统与现代稻鱼共生系统中鱼类土壤与肠道细菌群落的比较分析

《Current Microbiology》：Comparative Analysis of Bacterial Communities in Soil and Intestines of Fish from Traditional and Modern Rice-Fish Coculture Systems

本研究对比了浙江清泰传统（TRF）与现代（MRF）稻鱼共生系统中土壤及鱼类肠道菌群，通过16S rRNA测序分析发现：MRF系统菌群多样性及丰富度显著高于TRF。土壤中两者均以Pseudomonadota为主，但MRF富集Bacillota，TRF富集Acidobacteriota和Chloroflexota；肠道菌群中TRF以Fusobacteriota为核心，MRF更均匀且富含Bacillota、Actinomycetota等，反映配方饲料适应性。稻谷产量未变表明微生物缓冲了营养输入，功能预测显示MRF侧重碳水化合物代谢和信号转导，TRF偏向合成途径。这些结果为可持续稻鱼系统提供理论依据。

　　

摘要

为了比较传统（TRF）与现代（MRF）稻鱼共养系统中的土壤和鱼类肠道细菌群落，并研究饲料添加的影响，本研究采用了高通量16S rRNA基因测序技术来分析中国浙江省青田地区这两种系统中土壤和肠道细菌群落的结构、多样性、组成及功能特征。主要研究结果表明，MRF系统中的土壤和鱼类肠道细菌群落的多样性和丰富度均高于TRF系统。在土壤中，Pseudomonadota门细菌在两种系统中均占主导地位；MRF系统中的Bacillota门细菌相对丰富，而TRF系统则富含与寡营养环境相关的Acidobacteriota门和Chloroflexota门细菌。在肠道中，TRF系统以Fusobacteriota门细菌为主，其中Cetobacterium和Aeromonas菌株较为常见；MRF系统的细菌群落分布更为均匀，Bacillota、Actinomycetota、Clostridium和Mycobacterium门细菌的含量也较高。这些现象与鱼类对配方饲料的适应机制相符。水稻产量未发生变化，表明微生物群落对营养输入具有缓冲作用。功能预测（COG）分析显示，MRF系统的微生物群落在碳水化合物代谢和信号转导方面具有优势，而TRF系统则更倾向于生物合成途径。这些发现为稻鱼共养系统的可持续发展提供了有益的见解。