常规基因组监测在军事医疗设施中发现与格斗运动相关的社区A族链球菌暴发

《Infection Control & Hospital Epidemiology》：Routine genomic surveillance in a military healthcare facility detected a community-based Group A Streptococcus outbreak associated with grappling sports

本刊推荐：为应对军事人员中Group A Streptococcus (GAS)暴发带来的重大负担，研究人员通过前瞻性基因组监测，在军事治疗设施(military treatment facility, MTF)开展了一项关于emm92/ST82型化脓性链球菌暴发的研究。结果显示，26例病例中有21例与格斗运动（如柔术、摔跤）直接相关，证实了社区驱动的传播链。该研究意义在于证明了常规基因组监测可有效识别医院外传播事件，为感染预防控制(Infection Prevention and Control, IPC)提供了关键数据支持。

　　

在军事人员密集的环境中，传染病的暴发往往带来严峻挑战。Group A Streptococcus (GAS)，即化脓性链球菌（Streptococcus pyogenes），作为一种常见病原体，不仅可引起从皮肤感染到侵袭性疾病的广泛病症，更因其在集体生活与高强度体能训练场景下的快速传播能力而备受关注。历史上，美军在十年内曾记录17起GAS暴发事件，涉及数千病例，凸显出有效监测体系的迫切性。尤其值得关注的是，emm92型GAS作为美国侵袭性GAS感染的主要类型之一，其在社区中的传播动态尚未被充分掌握。在这一背景下，位于美国银泉的沃尔特·里德陆军研究所多重耐药菌库与监测网络（Multidrug-Resistant Organism Repository and Surveillance Network, MRSN）团队，在《Infection Control & Hospital Epidemiology》上发表了一项突破性研究，通过常规基因组监测手段，意外捕捉到一场与格斗运动密切相关的社区GAS暴发。

为揭示这一隐匿的传播链，研究团队整合了微生物学、基因组学与流行病学多重技术。首先，所有从患者样本中分离的GAS菌株均经MALDI-TOF质谱鉴定，并送往MRSN进行全基因组测序（Whole Genome Sequencing, WGS）。测序数据通过Bbduk进行质控，使用Kraken2筛查污染，并通过Shovill进行从头组装。关键分析包括：利用AMRFinderPlus检测耐药基因，通过emmtyper和mlst进行分子分型，并基于核心基因组多位点序列分型（core-genome multilocus sequence typing, cgMLST）和单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）分析（使用Snippy工具）评估菌株间的遗传相关性。流行病学调查则结合患者访谈与病历回顾，重点排查格斗运动参与史与家庭接触史。

遗传同源性证实暴发集群

在2024年3月至2025年2月期间，研究共收集到51例GAS分离株，涉及15种不同的序列型（Sequence Type, ST）。其中，ST-82型菌株（n=27）占比最高。cgMLST分析显示，存在三个高遗传相似性集群，其中规模最大的集群包含26例门诊患者的分离株，均属于emm92/ST-82型。SNP分析进一步确认这些菌株间仅相差0-2个SNP，具有高度克隆性，明确指示同一传播链。

流行病学链接指向格斗运动

对26例ST-82暴发病例的深入调查发现，81%（21例）患者有明确的格斗运动参与史，包括陆军格斗训练、柔术与摔跤。病例分布跨越9个训练场所，其中11例关联同一设施。值得注意的是，一例婴儿患者疑似通过家庭成员（参与柔术训练）发生家庭传播。尽管对环境样本（如垫子、设备）的检测未检出GAS，但男性患者显著居多（男女比例12:1），与格斗运动参与人群特征相符，进一步支持皮肤接触为主要传播途径。

耐药基因特征

所有暴发菌株均携带ant(6)、aph(3')-III、sat4与tetM耐药基因，提示对氨基糖苷类、链丝菌素与四环素类抗生素存在耐药性，这为临床治疗提供了重要参考。

前瞻性监测助力及时干预

研究的关键优势在于其前瞻性监测设计。MRSN在发现初始集群（含3例病例）后，即向感染预防与控制（Infection Prevention and Control, IPC）团队发出警报，随后随着病例增加持续更新报告。这使得公共卫生部门能及时开展社区宣教、环境检查与消毒指导，动态调整防控策略。

本研究通过常规基因组监测，成功识别了一起由emm92/ST-82型GAS引起的社区暴发，并明确其与格斗运动的强关联。结果强调，基因组监测的价值远超医院环境，能有效捕捉社区传播动态。尽管可能存在未就医病例的漏报，且家庭传播链需进一步证实，但该研究为军事及类似集体环境中针对高风险活动的精准防控提供了实践范式。作者建议，在格斗运动场所推行常规皮肤检查、严格卫生协议与设备消毒，并结合持续基因组监测，以遏制类似暴发。自2025年4月至8月，该监测点再次检出6例遗传相近新病例，其中4例有格斗运动参与史，进一步验证了上述链接的持续性。这一案例充分彰显了基因组学在公共卫生应急响应中的核心作用。