从印度锡金地区一名幽门螺杆菌感染男性的粪便样本中分离出的Enterobacter asburiae P67菌株的基因组序列草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of Enterobacter asburiae strain P67 isolated from fecal specimen of a Helicobacter pylori-infected male patient of Sikkim, India

本研究测序了印度锡金邦一幽门螺杆菌感染男性患者的肠杆菌属大肠杆菌asburiae ST252菌株P67，基因组4,731,308 bp，GC含量55.53%，含多类抗生素耐药基因及毒力相关基因如csgG、entA和ompA。

　　

摘要

我们在此报告了一种来自印度锡金地区一名幽门螺杆菌感染男性患者粪便样本的Enterobacter asburiae菌株P67（序列类型252，ST252）的基因组序列草图。该基因组长度为4,731,308 bp，G+C含量为55.53%，包含与抗菌素耐药性和毒力因子相关的基因。

公告

Enterobacter asburiae是一种广泛存在的肠道共生细菌，也被报道为一种机会性病原体，可引起具有高度抗菌素耐药性和毒力特征的医院内感染（1）。从印度锡金地区一名幽门螺杆菌感染男性患者的粪便样本中分离出一种E. asburiae菌株P67。该菌株在添加了10 μg/mL万古霉素、10 μg/mL制霉菌素、5 μg/mL头孢舒林、5 μg/mL甲氧苄啶、8 μg/mL两性霉素B和2.5 U/mL多粘菌素B的脑心浸液琼脂上培养。培养板在37°C条件下厌氧培养4-5天。本研究已获得锡金STNM多专科医院（STNMH）机构伦理委员会的批准（批准编号OS/IEC/STNMH/22，日期2022年4月22日）。基因组DNA使用Promega公司的Wizard Genomic DNA Purification Kit提取。DNA含量通过Thermo Fisher Scientific公司的Nanodrop 1000仪器进行测定。文库制备使用Illumina公司的Nextera XT DNA Library Preparation Kit和相应的索引引物，定量分析则采用Promega公司的QuantiFluor dsDNA System（目录编号E2670）。最终得到的基因组文库体积在0.5到0.7× bead体积之间，使用Illumina公司的DNA Prep和[M] Tagmentation试剂盒（96个样本，IPB，20060059）进行选择，并通过Qubit 3.0软件进行分析，随后使用Agilent Tapestation 4200仪器进行测序，最终浓度为1.5 pM。测序结果通过Illumina NextSeq 500平台（配备Mid Output Flowcell NSQ 500 Mid Output KT v2 [300 cycle]，目录编号FC-404-2003）和2 × 150配对末端测序策略生成了837,144条读段。

读段数据分别使用Fastp（v0.23.4，--length_required 36）2和FastQC（v0.12.1）http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc进行修剪和质量检测。基因组组装使用SPAdes（v3.15.5）3完成，组装质量通过QUAST（v5.0.2）4进行评估。基因组注释采用NCBI Prokaryotic Genome Annotation流程5完成。除非另有说明，所有生物信息学分析均使用预设参数进行。基因组的分类鉴定通过Type (Strain) Genome Server6完成。耐药基因和毒力因子的预测使用CARD8和VFDB9工具进行。该基因组全长4,731,308 bp，包含42个contig，G+C含量为55.53%，N50为256,458 bp，L50为6。基因组包含4,574个基因，其中4,416个为蛋白质编码基因，69个tRNA基因，5个rRNA基因，78个假基因以及4个其他基因。该菌株被鉴定为E. asburiae ST252。体外分析检测到多种耐药基因（表1）和毒力因子（curli蛋白生成/转运蛋白[csgG]、23-二氢-23-二羟基苯甲酸脱氢酶[entA]以及外膜蛋白A[ompA]）。

表1

表1E. asburiae菌株P67中检测到的抗菌素耐药基因

基因	类别	产物
blaACT	β-内酰胺类	头孢菌素水解酶ACT-3
qnrE	喹诺酮类	喹诺酮类耐药五肽重复蛋白QnrE4
Eclo_acrA	头孢菌素/氟喹诺酮类/糖环素/青霉素/苯酚类/利福霉素/四环素	耐药-结瘤-细胞分裂（RND）抗生素外排泵
CRP	氟喹诺酮类/大环内酯类/青霉素类	RND抗生素外排泵
fosA	磷霉素	磷霉素耐药性谷胱甘肽转移酶FosA_7
oqxB	苯酚类/喹诺酮类	多重耐药性外排转运蛋白OqxB9亚单位
H-NS	头孢菌素/头孢霉素/氟喹诺酮类/大环内酯类/青霉素/四环素	主要促进因子超家族抗生素外排泵和RND抗生素外排泵

致谢

作者感谢印度政府的DBT研究基金，以及位于印度莫哈利的BRIC-NABI PARAMSMRITI超级计算设施为本研究提供的计算资源。