肿瘤-正常序列分析在尼日利亚乳腺癌患者中发现了新的TP53种系突变和具有临床意义的体细胞突变

《Cancer Genetics》：Tumor-Normal sequencing reveals novel TP53 germline and clinically actionable somatic mutations in Nigerian Breast Cancer Patients

本研究针对尼日利亚乳腺癌患者开展肿瘤-正常配对测序，分析50个癌症相关基因的胚系和体细胞突变。通过Illumina平台测序，发现1例TP53胚系致病突变及18个体细胞致癌突变（9例可治疗）。研究证实本地化基因组检测可行，并提出建立分子肿瘤委员会以推进精准医学。

　　

阿宾博拉·F·奥尼亚（Abimbola F. Onyia）|阿卜杜勒拉扎克·劳瓦尔（AbdulRazzaq Lawal）|奇迪贝雷·奥戈（Chidiebere Ogo）|埃贝内泽尔·S·恩科姆（Ebenezer S. Nkom）|恩瓦马卡·N·拉塞比坎（Nwamaka N. Lasebikan）|奥莱坦·T·阿耶格布西（Olaitan T. Ayegbusi）|奥佩耶米·C·德坎波斯（Opeyemi C. De Campos）|奥卢瓦凯米·A·罗蒂米（Oluwakemi A. Rotimi）|杰利利·O·奥耶拉德（Jelili O. Oyelade）|乌斯曼·M·阿里尤（Usman M. Aliyu）|埃梅卡·E·J·伊韦阿拉（Emeka E.J. Iweala）|所罗门·O·罗蒂米（Solomon O. Rotimi）

尼日利亚奥贡州奥塔市圣约大学（Covenant University）科学与技术学院生物化学系

摘要

目的

乳腺癌（BC）在护理和管理方面的差异导致尼日利亚患者的预后较差，且难以获得精准肿瘤学治疗。目前关于尼日利亚患者的研究主要在国外进行，这限制了这些研究成果在本地医疗领域的直接应用。本研究通过使用肿瘤-正常组织配对测序方法，对生殖系和体细胞突变进行了本地化的研究，以填补这一空白。

方法

2024年1月至4月期间，从教学医院招募了42名女性乳腺癌患者。从血液和新鲜冷冻的肿瘤组织中提取DNA。使用Illumina AmpliSeq Cancer Hotspot Panel和MiSeq平台对50个与癌症相关的基因进行了靶向测序。通过匹配的正常组织数据进行过滤，识别出生殖系和体细胞变异，并使用ESCAT/ESMO分级系统评估其致癌性。数据可视化使用R（v4.4.2）语言和maftools软件包完成。

结果

在一名35岁、患有复发性转移性乳腺癌的三阴性乳腺癌患者中，发现了一个生殖系致病性变异TP53（TP53 c.694dupA (p.Ile232Asnfs)），这是首次报道该基因的生殖系突变。此外，还检测到18个可能具有致癌性的体细胞变异，其中9个具有临床意义（分级为I-III级）。7%的患者存在EGFR基因扩增，同时还有CDKN2A和KIT等基因的拷贝数丢失。

结论

本研究证明了在尼日利亚乳腺癌患者中进行肿瘤-正常组织配对测序的可行性，揭示了具有临床意义的可操作性变异。这些发现强调了将基因组分析整合到常规癌症护理中的必要性，并强调了建立分子肿瘤委员会以推进尼日利亚精准肿瘤学发展的必要性。

部分内容摘要

背景

乳腺癌是全球女性癌症相关死亡的主要原因，尼日利亚的发病率和死亡率最高[1,2]。尼日利亚乳腺癌的高死亡率通常归因于医疗基础设施不足、诊断时常处于晚期以及肿瘤生物学特性较为恶性[3,4]。尼日利亚患者多患有三阴性乳腺癌（TNBC），这种类型的乳腺癌具有高度侵袭性。

研究设计与样本

这项前瞻性研究招募了42名经组织学确诊的乳腺癌患者，招募时间从2024年1月持续到4月。参与者年龄在20至80岁之间，并在充分了解研究方案后签署了书面知情同意书。过于虚弱无法签署同意书或患有可能影响研究结果的其它癌症的患者被排除在外。

样本收集与DNA提取

组织样本通过Tru-Cut活检技术获取

结果

研究对象的平均年龄为51.48 ± 13.69岁（25-77岁）。最常见的组织学类型是浸润性乳腺癌（IBC），占36例（85.7%）；其次是转移性乳腺癌（3例，7.1%）；浸润性黏液性乳腺癌（2例，4.8%）；以及浸润性小叶癌（ILC，1例，2.4%）。疾病分期显示：30例（71.4%）为I-III期乳腺癌，5例（11.9%）为IV期乳腺癌，5例（11.9%）未进行分期。

讨论

乳腺癌仍然是尼日利亚女性面临的主要健康问题，其特点是疾病更具侵袭性且临床管理难度较大[1]。本研究旨在对尼日利亚乳腺癌患者的肿瘤和正常组织样本进行测序，以识别与乳腺癌相关的50个基因中的生殖系和体细胞变异。

研究结果发现了TP53基因中的一个先前未报道的致病性生殖系变异（TP53 c.694dupA (p.Ile232Asnfs)。

结论

本研究结果强调了将基因组分析整合到乳腺癌患者管理中的重要性，并强调了建立分子肿瘤委员会对于推动尼日利亚精准肿瘤学发展的必要性。可操作性突变的存在突显了精准医学和先进治疗手段的重要性。同时，也表明需要超越传统的免疫组化检测，采用更广泛的分子检测方法来改进肿瘤评估。

资金支持

SOR项目得到了美国国防部卫生事务助理部长办公室通过国会指导的医学研究计划（CDMRP）、前列腺癌研究计划、健康公平研究及结果改进联盟（奖项编号W81XWH2210972）的资助，以及美国国立卫生研究院下属的国家癌症研究所（奖项编号P50CA116201）通过子项目COV-182363-02的资助，该项目属于梅奥诊所乳腺癌SPORE计划的一部分。

数据可用性

本文报告的原始序列数据已存入中国国家基因组数据中心（National Genomics Data Center）的基因组序列档案库（Genome Sequence Archive）[84]，具体位于中国科学院北京基因组研究所（Chinese Academy of Sciences Beijing Institute of Genomics），可通过以下链接公开访问：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human。

伦理审批与参与同意

本研究遵循《赫尔辛基宣言》（Declaration of Helsinki）中的伦理原则进行。伦理审批分别于2021年5月20日获得尼日利亚奥贡州奥塔市圣约大学（Covenant University）人类研究伦理委员会（Covenant Human Research Ethics Committee，批准编号CU/HREC/SOR/072/21）的批准，以及2024年1月19日获得尼日利亚国家卫生研究伦理委员会（Nigerian National Health Research Ethics Committee，批准编号NHREC/01/01/2007-19/01/2024）的批准。

参与同意

所有参与者年龄在20至80岁之间，在充分了解研究方案后签署了书面知情同意书。过于虚弱无法签署同意书或患有可能影响研究结果的其它癌症的患者被排除在外。为保护参与者隐私，所有数据在分析前均已进行了去标识处理。

发表同意

不适用。本研究未涉及需要参与者同意才能公开的数据。

作者贡献声明

阿宾博拉·F·奥尼亚（Abimbola F. Onyia）：负责撰写、审稿与编辑、方法学设计、概念构建。阿卜杜勒拉扎克·劳瓦尔（AbdulRazzaq Lawal）：负责撰写、审稿与编辑、数据管理。奇迪贝雷·奥戈（Chidiebere Ogo）：负责撰写、审稿与编辑、数据管理。埃贝内泽尔·S·恩科姆（Ebenezer S. Nkom）：负责撰写、审稿与编辑、数据管理。恩瓦马卡·N·拉塞比坎（Nwamaka N. Lasebikan）：负责撰写、审稿与编辑、数据管理。奥莱坦·T·阿耶格布西（Olaitan T. Ayegbusi）：负责撰写、审稿与编辑、方法学设计。奥佩耶米·C·德坎波斯（Opeyemi C. De Campos）：负责撰写、审稿与编辑。