在由产麦角甾醇的枯草芽孢杆菌（Bacillus cereus）引起的食源性疾病暴发调查中，采用傅里叶变换红外光谱（FTIR）技术作为去重复（dereplication）策略

《International Journal of Food Microbiology》：Employing Fourier-transform infrared spectroscopy as dereplication strategy in foodborne outbreak investigation of cereulide-producing Bacillus cereus

快速筛查与全基因组测序对比分析产气荚膜梭菌食品暴发调查中FT-IR光谱技术的有效性。通过FT-IR结合PCR检测毒素合成基因，与cgMLST分型结果对比，发现两者96.4%的一致性，证实FT-IR可作为暴发调查的初筛工具。

　　

Bram Jacobs | Julien Masquelier | Tom Van Nieuwenhuysen | Laurence Delbrassinne | Koenraad Van Hoorde

食源性病原体，Sciensano，Juliette Wytsmanstraat 14，布鲁塞尔，比利时

摘要

分离株的鉴定与比较是食源性疾病暴发调查中的核心环节，目前通常采用全基因组测序（WGS）技术进行。尽管WGS具有较高的准确性，但其成本相对较高、耗时较长，并且数据分析需要专门的技术支持。因此，本研究评估了傅里叶变换红外（FT-IR）光谱技术作为一种快速且经济高效的分离株分类方法。从一起食源性疾病暴发事件后的食品样本及五份患者粪便样本中分离出了疑似蜡样芽孢杆菌（B. cereus）；共有51株分离株接受了FT-IR分析。通过PCR检测确定了这些分离株是否含有蜡样芽孢杆菌毒素合成相关基因簇（ces），并将检测结果与FT-IR光谱数据相结合。同时，还通过WGS技术对分离株进行了进一步鉴定，以评估FT-IR技术的有效性。利用核心基因组多位点序列分型（cgMLST）方法，从WGS数据中鉴定出14种不同的蜡样芽孢杆菌菌株。其中两种菌株同时存在于食品样本和五份患者样本中的四份中，而所有样本均检测到了蜡样芽孢杆菌毒素。通过三种不同的聚类方法（层次聚类分析（HCA）、主成分分析（PCA）和线性判别分析（LDA）对13株代表性分离株的FT-IR光谱进行了比较。结果显示，FT-IR技术与cgMLST方法的总体一致性达到96.4%（调整后的Wallace指数）。由此可见，FT-IR光谱技术在食源性疾病暴发调查中具有应用价值，尤其适合作为初步筛查工具，从而减少后续使用WGS进行确认所需的分离株数量。