开发并验证一种与铜死亡（cuproptosis）相关的基因特征，用于预测胃癌的预后和药物敏感性

《Clinical and Translational Oncology》：Development and validation of a cuproptosis-related gene signature for predicting prognosis and drug sensitivity in gastric cancer

本研究基于铜依赖性细胞死亡（cuproptosis）相关基因（CRGs）构建预后模型，通过整合TCGA和GEO数据库数据，采用共识聚类和LASSO回归筛选出6个关键基因，并验证其与胃癌患者生存及化疗、免疫治疗响应的相关性，为个体化治疗提供依据。

　　

摘要

背景

铜死亡（Cuproptosis）是一种最近发现的、依赖于铜的细胞死亡形式，与三羧酸循环有关。然而，其在胃癌（GC）中的预后和治疗反应方面的作用仍知之甚少。本研究旨在基于铜死亡相关基因（CRGs）构建一个预后模型，并评估其在预测患者生存率和治疗反应方面的临床应用价值。

方法

从TCGA和GEO数据库中获取了胃癌患者的转录组数据和临床信息。通过共识聚类方法，根据CRG表达谱识别不同的分子亚型。利用LASSO回归算法对差异表达基因进行建模，并构建了一个整合临床变量的预后模型以提升预测准确性。通过Kaplan–Meier生存分析、对数秩检验、Cox回归和时变ROC曲线评估了该模型的性能。分别使用pRRophetic包和TIDE算法评估了化疗和免疫治疗的反应预测效果。使用Seurat包进行了单细胞RNA测序分析，并通过qRT-PCR在细胞系和临床样本中验证了关键基因的表达情况。

结果

通过对CRG表达及其预后相关性的全面分析，发现了胃癌中的两种不同的铜死亡相关分子亚型。利用LASSO回归构建了一个六基因预后模型。患者被分为高风险组和低风险组。高风险组的生存情况更差，TNM分期更晚，而低风险组对化疗和免疫治疗的反应预测敏感性更高。ROC分析证实了该模型的良好预测性能。

结论

本研究揭示了CRG表达与胃癌患者的预后和治疗反应之间的显著关联。所开发的预后模型可作为临床上有用的工具，用于生存预测，并有助于制定个性化的治疗策略。