从韩国安城地区茄子根际分离出的Microbacterium sp. MAHUQ-60的基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Genome sequence of Microbacterium sp. MAHUQ-60 isolated from the rhizosphere of eggplant located in Anseong, South Korea

Microbacterium sp. MAHUQ-60菌株基因组测序完成，该菌株分离自韩国安城茄子根部土壤，基因组大小3,425,239 bp，含5条contig，GC含量69.0%，预测编码蛋白基因3,194个。

　　

摘要

本研究报道了从2019年韩国安城地区茄子根际分离出的细菌菌株Microbacterium sp. MAHUQ-60的基因组序列草图。该基因组由3,425,239个碱基对组成，组装成5个contigs，编码3,194个预测的蛋白质编码基因。

公告

Microbacterium属由Orla-Jensen首次建立（1），属于Microbacteriaceae科，目前包含166个经过正式发表的物种（2），这些物种来源于多种不同的环境（3–5）。在研究茄子根际细菌多样性过程中，分离出了一种新的Microbacterium属菌株，命名为Microbacterium sp. MAHUQ-60，并在本研究中展示了其基因组草图。细菌基因组测序是一项具有广泛应用价值的技术，在医学、公共卫生和进化研究中都具有重要意义（6–10）。

MAHUQ-60菌株是从韩国安城地区的一株茄子根际分离得到的。通过轻轻去除附着在植物根部的土壤来收集根际土壤样本。将1克土壤样本悬浮在9毫升无菌0.85%（重量/体积）NaCl溶液中，然后逐级稀释至10^?6浓度，将100微升稀释液涂布在营养琼脂（NA；Difco，BD，目录号213000）平板上。随后在30°C条件下培养3天。通过多次划线传代在新鲜NA平板上纯化单菌落。根据16S rRNA基因序列分析，确定MAHUQ-60菌株属于Microbacterium sp. MAHUQ-60。该菌株已存入中国普通微生物菌种保藏中心，保藏编号为CGMCC 1.60115。基因组DNA是从在营养肉汤（Difco，BD，目录号234000）中培养24小时的细菌中提取的，使用Solgent（韩国）公司的基因组DNA提取试剂盒按照制造商的协议进行提取。利用AMPure XP珠子对DNA片段进行大小筛选，以获得适合Illumina测序的标准长度（通常为200–300个碱基对）。使用Nextera XT DNA Library Prep Kit（Illumina，美国圣地亚哥）制备测序文库。测序过程采用Illumina HiSeq 3000平台，按照制造商提供的标准协议进行双端2 × 150 bp读取。使用FastQC（11）对读取数据进行质量控制，并用Trimmomatic（12）去除接头序列和低质量碱基。使用Illumina的bcl2fastq软件v.2.20.0按默认参数对原始读取数据进行去重并转换为FASTQ格式。使用SOAPdenovo v.2.04组装器（13）进行基因组组装，并利用NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline v.6.3（14–16）进行基因组注释。通过Type (Strain) Genome Server（https://tygs.dsmz.de）进行基于全基因组的分类分析。使用Genome-to-Genome Distance生物信息学工具（17）计算in silico DNA-DNA杂交值。与MAHUQ-60基因组最匹配的类型菌株是Microbacterium suwonense NBRC 106310（登录号GCA_030296555），其in silico DNA-DNA杂交值为25.7%。

Microbacterium sp. MAHUQ-60的基因组长度为3,425,239 bp，GC含量为69.0%。基因组由5个contigs组成，覆盖率为112倍。共预测出3,253个基因，其中3,194个为蛋白质编码基因。基因组特征的详细信息见表1。

表1

表1 MAHUQ-60菌株的基因组数据、组装信息、注释和来源信息

特征	MAHUQ-60菌株的结果
来源描述
位置	韩国安城
时间	2019年
类型	茄子根际
测序总结
覆盖率	112倍
基因组大小（bp）	3,425,239
GC含量（%）	69.0
组装报告
Contigs数量	5
Contig L50	2
Contig N50	1.1 Mb
注释报告
基因总数	3,253
CDS总数	3,198
含蛋白质的CDS数量	3,194
ncRNA数量	3
tRNA数量	46
质量分析
完整性（%）	98.75
污染率（%）	2.73

致谢

特别感谢中国科学院微生物研究所下属的世界微生物数据中心对MAHUQ-60菌株的基因组测序工作。

M.A.H.：概念设计、数据分析、撰写（初稿、审阅和编辑）；M.Z.S.和M.M.R.：撰写（审阅和编辑）。