PSYMOF:实现金属有机框架系统化后合成修饰的计算工作流及其在CO2/N2分离中的优化设计
《npj Computational Materials》:PSYMOF: computational workflow enabling systematic post-synthesis modification of metal-organic frameworks
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时间:2025年12月06日
来源:npj Computational Materials 11.9
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本研究针对金属有机框架(MOF)后合成修饰(PSM)过程中缺乏自动化计算工具的问题,开发了PSYMOF平台。该工作流整合了化学信息学、空间感知随机生长算法和分子动力学模拟,实现了功能基团在预设位点的可控嫁接。以UiO-66-NH2的部分功能化为例,发现CO2吸附性能与功能化程度呈非单调关系,最佳修饰水平使CO2亲和性与孔隙可达性达到平衡。该平台为功能化多孔材料的快速发现提供了通用工具。
金属有机框架(MOF)作为具有模块化结构的晶态多孔材料,通过选择金属节点和有机配体可实现性能精准调控,在气体存储、分离、催化等领域展现出巨大潜力。然而传统合成方法中,功能基团的引入受限于高温溶剂热条件的化学稳定性,极大制约了可实现的化学空间。后合成修饰(PSM)技术通过共价修饰预合成MOF骨架的活性位点,突破了直接合成的限制,但现有计算工具存在建模流程繁琐、力场参数赋值困难等瓶颈,难以实现高通量预测。
为解决这一挑战,韩国仁荷大学与阿德莱德大学联合团队开发了PSYMOF计算平台。该工作流通过化学信息学处理自动识别配体活性位点,结合空间感知蒙特卡洛随机行走算法实现功能基团的立体可控生长,并集成分子动力学(MD)弛豫与巨正则蒙特卡洛(GCMC)模拟,最终输出可用于性能评估的稳定结构。以UiO-66-NH2为模型骨架,系统研究了四种功能基团(氨基醇、二胺、环氧化物、乙基硫醚)在10%-80%修饰度下对CO2/N2分离性能的影响。
关键技术方法包括:基于最大公共子图(MCS)算法的配体原子索引标准化,周期性边界条件下避免空间冲突的随机生长算法,基于通用力场(UFF)和PACMOF电荷模型的参数赋值,以及四阶段分子动力学弛豫 protocol(功能基团弛豫→配体弛豫→全原子弛豫→退火处理)。气体吸附模拟采用TraPPE力场描述CO2/N2分子,通过Ewald求和处理静电相互作用。
平台通过图形界面引导用户定义生长起始原子(FGo)与离去原子,生成标准化中间文件。结合周期性边界处理与障碍回避启发式算法,确保功能基团在MOF孔道内的化学合理构型。力场参数基于预优化结构的局部几何特征传递,避免生长过程中的几何畸变引起参数错误。
随机行走算法通过多候选位置采样与局部优化,在粉红色边界定义的生长区域内逐步添加原子。当原子跨越晶胞边界时,通过周期映像映射维持分子连通性。蒙特卡洛树搜索(MCTS)策略在遇到空间死区时重新初始化生长,保证最终构型无立体冲突。
模拟结果表明所有功能基团均呈现CO2吸附容量随修饰度增加而下降,CO2/N2选择性则持续上升的权衡现象。通过吸附性能评分(APS=CO2吸附量×选择性)评估发现:二胺基团在20%修饰度时APS最高(214.87),较原始框架提升近一倍;氨基醇在60%时达到峰值(164.57);而疏水性乙基硫醚需控制在30%以内(APS=188.70)才能有效平衡空间位阻与气体筛分效应。
PSYMOF首次将PSM过程转化为可编程设计变量,揭示了部分功能化策略的优越性:适度修饰既能保留孔道通达性,又可通过极性基团(如二胺)的协同作用增强CO2结合能力。该平台不仅复现了“极性基团提升CO2吸附”的经验规律,更发现了实验可操作的优化修饰区间。作为开源工具(GitHub: MTMLab/PSYMOF),其模块化架构可扩展至催化、扩散等性能预测,为多元MOF材料的理性设计提供新范式。
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