第二代AURKA靶向PROTACs:结构优化以实现神经母细胞瘤体内的降解
《Journal of Medicinal Chemistry》:Second-Generation AURKA-Targeting PROTACs: Structural Optimization toward in Vivo Degradation in Neuroblastoma
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时间:2025年12月06日
来源:Journal of Medicinal Chemistry 6.8
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本研究通过结构优化,开发了新型AURKA降解剂SK4454和SK5527,显著提升血浆稳定性和代谢活性,单次静脉给药即可在神经母细胞瘤 xenograft 模型中快速降解AURKA并抑制肿瘤增殖。发现MDR1介导的药物外排是限制因素,通过药物组合可增强疗效,为神经母细胞瘤治疗提供新候选药物。
该研究聚焦于神经母细胞瘤治疗中AURKA降解剂的结构优化与药代动力学改进。神经母细胞瘤作为儿童中最常见的脑外实体瘤,其高复发率与MYCN基因扩增密切相关。AURKA作为MYCN的稳定因子,通过影响DNA复制和细胞周期调控成为潜在治疗靶点。前期开发的SK2188虽能有效降解AURKA并降低MYCN水平,但存在血浆稳定性差、代谢清除快等问题,限制了其临床应用。
研究团队通过系统结构优化策略,从连接剂刚性化、配体替换和分子构象优化三个维度推进PROTAC设计。在连接剂优化方面,采用哌嗪环替代传统柔顺的聚乙二醇链,使SK4454和SK5527的代谢稳定性显著提升,半衰期延长至4-8小时,且在肝微粒体中的代谢清除率降低至SK2188的1/5。这种刚性连接剂的设计不仅减少了分子构象的随机变化,还增强了PROTAC与蛋白酶体的结合稳定性。
配体创新方面,研究团队开发了三类新型配体:1)芳氨基戊二酰亚胺类CRBN配体,通过优化取代基位置使结合亲和力提升2-16倍;2)二氢尿嘧啶类CRBN配体,消除原有配体的立体中心并引入氢键供体,使配体-受体结合更稳定;3)新型AURKA配体55,在保持高选择性的同时降低分子极性。其中,二氢尿嘧啶类配体(如SK5527)展现出优于传统thalidomide配体的特点,在模拟体内环境的肝细胞中表现出优异的稳定性和靶点结合能力。
体内药效学实验表明,单次静脉给药15mg/kg的SK4454和SK5527可在8小时内使移植瘤模型中AURKA蛋白水平下降90%以上,且这种降解效应具有时间依赖性,24小时后蛋白水平基本恢复至基线。值得注意的是,两种化合物在口服生物利用度方面分别达到7%和11%,通过优化分子疏水性及表面电荷分布,显著提升了肠道吸收效率。
研究还揭示了MDR1药物外排泵的关键作用。在SK-N-BE2细胞系(高表达MDR1)中,添加MDR1抑制剂tariquidar可使PROTAC的细胞毒性增强5-8倍,同时AURKA降解效率提升3倍。这提示后续优化可着重于开发低外排活性的PROTAC变体,例如通过引入氟苯基等疏水基团改造AURKA配体。
药代动力学数据显示,SK5527的血浆蛋白结合率(f_u)为78%,而SK4454为65%,这种差异可能与其分子结构中不同亲水性基团的比例有关。值得注意的是,两种化合物在肝脏和肾脏中的代谢清除率(CLint)均低于10 μL/min/mg,表明其代谢稳定性达到临床可接受水平。
机制研究方面,通过NanoBRET技术证实新型PROTAC在活细胞中仍保持高亲和力(IC50≈20nM),且存在独特的双功能降解机制:一方面通过AURKA-MYCN复合物解离直接降解MYCN,另一方面通过CRBN介导的泛素化途径实现AURKA的靶向清除。质谱组学分析显示,在3小时处理后仅有AURKA显著降解,而其他蛋白如PLK1和ESCO2的调控提示PROTAC可能通过间接影响DNA损伤修复通路发挥作用。
临床前评价显示,SK4454在IMR-32移植瘤模型中表现出优异的肿瘤选择性,其GI50值(72小时)为18nM,较SK2188降低40%,且对良性细胞系(HEK293T、RPE)的毒性显著降低。特别值得关注的是,该化合物在肝微粒体中的半衰期(t1/2)达到3.2小时,较传统PROTAC延长近2倍,这与其连接剂刚性化设计和新型配体的代谢惰性密切相关。
研究团队还建立了创新性的优化策略评估体系,通过4个优化系列(刚性连接剂、新型CRBN配体、AURKA配体替换、双功能降解机制验证)的递进式筛选,最终确定SK4454和SK5527的最佳结构组合。这种模块化优化方法为后续PROTAC开发提供了标准化流程,特别在连接剂刚性化模块中,piperazine环的引入使化合物在血浆中的循环时间延长了2.3倍。
本研究的突破性进展体现在:1)首次将刚性连接剂与双功能配体结合,实现PROTAC的代谢半衰期突破6小时;2)发现二氢尿嘧啶类配体在降低CRBN亲和力的同时不影响AURKA降解活性,解决了传统PROTAC的"脱靶效应"难题;3)建立基于MDR1外排机制的动态优化模型,为PROTAC的个性化设计提供新思路。这些发现不仅推动了神经母细胞瘤治疗策略的演进,更为PROTAC类药物的临床转化提供了关键技术支撑。
后续研究方向建议包括:1)开发针对MDR1外排泵的PROTAC变体,可能通过引入ATP竞争性结构或pH敏感基团;2)探索PROTAC的多模式给药策略,如静脉-腹腔联合给药以平衡生物利用度与组织分布;3)开展毒理学研究,特别是关注PROTAC对正常脑组织细胞的潜在影响。这些研究将有助于将新型PROTAC从临床前阶段推进至临床试验阶段,为神经母细胞瘤患者提供更有效的治疗选择。
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