Lebbeus groenlandicus 中 microRNA 的重新鉴定与差异表达

《Genes & Genomics》：De novo identification and differential expression of MicroRNA in the Lebbeus groenlandicus

首次构建miRNA组，鉴定117个已知miRNA和25个新miRNA，发现61个跨物种保守miRNA，肝胰腺和肌肉组织表达模式差异显著，验证NM00003候选miRNA的稳定性和物种特异性，为水产养殖管理提供分子标记。

　　

摘要

背景

尽管具有经济价值，但长尾虾类（Caridean shrimps）仍研究不足。Lebbeus groenlandicus（L. groenlandicus）缺乏基础的分子生物学资源，这限制了其管理和水产养殖的应用。微小RNA（miRNAs）调节免疫系统和新陈代谢，并具有作为生物标志物的潜力，但目前尚未有针对该物种的miRNA组学研究。

目的

首次构建L. groenlandicus的miRNA组学数据库，鉴定同源和新的miRNAs，并评估其组织特异性表达。

方法

从三只个体的肝胰腺和肌肉中制备了小RNA测序文库（长度为15–35个核苷酸，共六个文库）。将测序数据与人类、小鼠和斑马鱼的miRNA参考序列进行比对；使用miRDeep2进行发现和定量分析，通过BLASTN、交集和MFE分析进行验证。使用DESeq2检测差异表达，通过qRT-PCR评估候选miRNAs的物种特异性。

结果

平均而言，25.17%的测序数据映射到已知的miRNAs上，每个组织平均检测到117个已知miRNAs，以及25个新的miRNA候选序列。通过跨物种比对和交集分析，确定了61个同源miRNAs。肝胰腺中几个新的miRNAs及其同源物miR-1260a、miR-184、miR-7a-1的表达显著上调；下调的miRNAs包括新的miRNAs及其同源物miR-1a-2、miR-133a-2、miR-10a、miR-5004。miR-10a在进化上具有保守性。候选miRNA NM00003具有稳定的茎环结构，并表现出物种特异性表达。

结论

我们首次完成了L. groenlandicus的miRNA组学研究，揭示了调控免疫系统和新陈代谢的保守性miRNAs，并鉴定出可作为水产养殖监测和种群管理实用生物标志物的新miRNAs。