单双链兼容型DNA文库构建：Takara ssDNA-Seq Kit解锁NGS建库新方案

【字体：大中小】 时间：2025年12月13日 来源：Takara

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　　Takara Bio ssDNA-Seq Kit突破传统双链建库局限，可捕获单链DNA和双链DNA，适配 FFPE、环境及损伤或降解样本。支持10 pg低起始量与50 base短片段，可在2小时内完成文库构建，满足多样化测序需求。

在传统的双链DNA文库制备过程中无法捕获ssDNA。而本试剂盒支持从单链DNA和双链DNA中构建DNA文库，特别适用于含混合DNA形态的样本（包括FFPE DNA、环境来源DNA、以及损伤或降解的DNA样本）。

Takara Bio推出了单链DNA建库ssDNA-Seq Kit（Code No. NN0003/NN0004）。本试剂盒兼容低至10 pg的DNA起始量和短至50 bases的单链DNA片段。与传统的双链DNA-Seq流程不同，ssDNA-Seq Kit首先通过预处理和热变性步骤，将样本中所有DNA转化为单链形态。热变性后，使用单链DNA连接酶（SDL）在所有单链DNA片段的3'端添加第一个接头。随后通过引物延伸将文库转化为双链DNA，并在双链DNA片段的5'端添加第二个接头。最后使用Unique Dual Indexes（Code No. 634752–634756；单独销售）添加Illumina测序所需的接头，并进行文库扩增。整个过程2小时以内即可完成。

先让我们来了解一下它吧！

产品特点

构建兼容单链DNA（ssDNA）和双链DNA（dsDNA）的NGS文库
适用于高度片段化、受损或降解的DNA样本，比如FFPE样本
可对短至50 bases的ssDNA片段进行分析
流程简单，不到2小时即可完成文库制备
兼容Unique Dual Index试剂盒，可同时处理多达384个样本

流程概要

实验1：可用于人类基因组 DNA（gDNA）和 FFPE 样本的高质量文库制备

采用ssDNA-Seq Kit，以不同片段化程度的gDNA和FFPE来源DNA为样本制备DNA文库。每个样本的起始DNA量为10 ng，通过Covaris进行片段化处理。利用TapeStation HD5000对制备的文库进行评估，结果证实：无论样本初始片段化程度如何，均呈现出符合预期的DNA文库图谱。在NextSeq® 2000上进行双端测序（2×150 bp），随后使用 Bowtie2软件与GRCh38参考基因组进行比对，结果显示：各类片段化程度的样本均实现了超过97% 的高比对率。注：DIN（DNA integrity number）即DNA完整性数值。

实验2：在广泛GC含量范围内的有均一覆盖度

采用ssDNA-Seq Kit，以10 ng（n=2）经Covaris片段化处理的gDNA为样本，制备 DNA文库。在NextSeq 2000测序仪上进行双端测序（2×150 bp），并将测序数据down sample至总计900万reads。灰色竖条代表采用100 bp窗口分析得到的预期GC含量分布。这些结果证实，ssDNA-Seq Kit在不同 GC 含量条件下均展现出均一的覆盖度。