在未经治疗的儿科胃肠道样本的单细胞RNA测序特征中识别克罗恩病亚型

《Journal of Crohn's and Colitis》：Identification of Crohn’s disease subtypes in single cell RNA sequencing signatures of treatment na?ve samples across the paediatric gastrointestinal tract

克罗恩病（CD）治疗前肠道异质性研究，通过单细胞转录组学和小肠/结肠/直肠活检，结合张量分解和GWAS数据整合，揭示髓系和T细胞是驱动炎症的关键，为个性化治疗提供分子标志物。

　　

摘要

背景

克罗恩病（CD）的特点是慢性肠道炎症。以往的单细胞转录组学研究主要集中在已确诊的病例上，因此在未接受治疗的肠道不同区域的特征方面存在知识空白。

方法

为了研究疾病的发生机制，研究人员招募了一组未接受治疗的儿童克罗恩病患者，并对他们在初次内镜检查时采集的回肠、结肠和直肠活检样本进行了单细胞转录组学分析。同时开发了一种聚类稳定性评估流程，以确保聚类结果及后续分析的可靠性。

结果

由于供体个体和组织间的异质性，炎症对细胞比例的影响并不显著。张量分解技术揭示了由间充质细胞和髓系细胞介导的疾病病理机制，这与先前发现的纤维化及促炎性疾病进展过程一致。通过整合转录组学数据与克罗恩病的全基因组关联统计分析，发现髓系细胞和T细胞在疾病发展中起关键作用，这为潜在的细胞治疗靶点提供了依据。

结论

张量分解技术根据患者的转录组特征将他们分为具有临床意义的组别，表明这些特征可用于个性化医疗。

图形摘要

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