通过简单序列重复（ISSR）和起始密码子靶向（SCoT）标记技术，揭示了约旦栽培和野生杏仁基因型的遗传多样性与结构

《Genetic Resources and Crop Evolution》：Genetic diversity and structure of cultivated and wild almond genotypes in Jordan revealed by inter-simple sequence repeat (ISSR) and start codon targeted (SCoT) markers

almond基因组多样性分析揭示约旦36份 almond（24栽培+12野生）通过ISSR和SCoT标记显示栽培品种高度相似聚类，野生品种呈现地域性分化，A. arabica独成一类，凸显野生基因库对育种和抗逆研究的重要性。

　　

摘要

杏仁是一种在全球范围内具有重要价值的坚果作物。我们研究了在约旦种植的36个基因型的全基因组多样性和结构，这些基因型包括24个栽培品种和12个野生品种，使用了简单序列重复（ISSR）标记和起始密码子靶向（SCoT）标记进行分析。13个ISSR引物扩增出了188条多态性条带（多态性比例为93%），10个SCoT引物产生了174条多态性条带（多态性比例为90%），两种方法的平均PIC值均为0.25。Jaccard相似系数范围分别为0.281至0.899（ISSR）和0.289至0.818（SCoT），表明野生基因型之间的变异较大。基于未加权配对组平均法（UPGMA）构建的树状图将所有基因型分为三个主要簇，清晰地分离出了栽培品种和野生品种组，其中Amygdalus arabica始终形成一个独立的支系。基于ISSR和SCoT标记的主坐标分析（PCoA）结果支持了树状图的分析：ISSR PCoA将栽培品种和野生品种分为两个主要组，而SCoT PCoA则显示出更清晰的分离结果，Amygdalus arabica与和分别位于不同组别。尽管这些基因型具有不同的地理起源，但它们表现出较高的遗传相似性并聚集在一起，这表明它们的遗传基础较为狭窄，可能是由于历史上的育种和基因流作用形成的。相比之下，野生基因型大致按照其地理起源在约旦境内形成不同的簇，表明它们经历了局部化的分化。A. arabica独特的遗传特征以及观察到的高多态性进一步强调了野生杏仁种质作为杏仁改良新等位基因库的价值。本研究描绘了约旦杏仁的遗传图谱，强调了保护野生遗传资源对于未来育种和抗逆策略的重要性。