《Journal of Virological Methods》：Evaluation of two commercial multiplex RT-PCR tests for broad genotypic detection of viral gastroenteritis
编辑推荐：
急性胃肠炎（AGE）的病毒检测效能评估：两种商业分子检测套件（GI Viral PLUS和GI Norovirus PLUS）对诺如病毒、轮状病毒、腺病毒等病原体的检测灵敏度达99.4%-100%，特异性98.1%-100%，但在诺如病毒GII.6分型中存在探针重叠导致的分类误差。证实其可提升临床诊断效率，减少抗生素滥用，助力疫情监测。
作者：Chiara Filizzolo、Mariangela Pizzo、Marika Munacò、Giovanni M. Giammanco、Gianvito Lanave、Vito Martella、Floriana Bonura、Simona De Grazia
意大利巴勒莫大学“G. D’Alessandro”健康促进、母婴保健、内科及卓越专科医学系
摘要
急性胃肠炎（AGE）仍然是一个全球性的健康问题，尤其影响5岁以下的儿童。尽管在工业化国家的死亡率有所下降，但AGE仍对医疗系统构成重大负担，并在发展中国家继续构成主要威胁。本研究评估了两种商业分子检测方法（GastroIntestinal (GI) Viral PLUS ELITe MGB? 和 GI Norovirus PLUS ELITe MGB?）在检测与AGE相关的多种病毒基因型方面的诊断性能。共分析了222份存档的粪便样本，这些样本之前已通过参考生物分子方法进行了鉴定，其中包括50份轮状病毒（RVA）阳性样本、57份诺如病毒（NoV）阳性样本、39份腺病毒（AdV）阳性样本、45份星状病毒（HAstV）阳性样本以及10份共感染样本。这两种检测方法与参考方法的一致性非常好（κ ≥ 0.95），灵敏度范围为99.4%至100%，特异性范围为98.1%至100%，证实了它们能够检测到广泛的病毒基因型。在诺如病毒GII.6株中观察到轻微的差异，这些病毒被错误分类为基因组I（GI），可能是由于退火谱的重叠所致。这些发现支持使用GI Viral PLUS和GI Norovirus PLUS ELITe MGB?检测方法作为快速、准确的病毒性AGE基因型诊断工具。它们的应用可以改善患者管理，减少不必要的抗菌药物使用，并有助于及时控制疫情，尤其是在医疗环境中。
引言
急性胃肠炎（AGE）仍然是全球最常见的疾病之一，每年导致约50万5岁以下儿童死亡，尤其是在发展中国家（Troeger等人，2017年）。在工业化国家，尽管死亡率较低，但AGE仍给医疗系统带来沉重负担，包括医疗费用、生产力损失和社会成本（Peery等人，2022年）。AGE可以由多种病原体引起，仅凭临床表现往往不足以区分病毒性和细菌性病因（Bányai等人，2018年；Hassan等人，2019年）。5岁以下的儿童特别容易感染病毒性AGE，且常出现严重症状，如呕吐和/或水样腹泻，可能导致危及生命的脱水，需要住院治疗。准确的病因诊断对于正确的临床管理和实施预防措施以控制病毒传播至关重要。此外，确定具体的病毒病原体对于避免不必要的抗菌药物使用以及制定未来的预防策略（包括疫苗接种计划）也非常重要（Danino等人，2023年）。诺如病毒（NoV）和A组轮状病毒（RVA）占儿童AGE病例的近一半，其次是腺病毒F40/41（AdV）、人类星状病毒（HAstV）和沙波病毒（SV）（Bányai等人，2018年；Hassan等人，2019年；Oude Munnink和van der Hoek，2016年；Zhang等人，2011年）。最近，几种基于不同化学原理的分子检测方法被引入，能够同时检测主要的病毒性AGE病原体。这些方法取代了传统的诊断方法，简化了实验室工作流程，提高了分析灵敏度并提升了诊断准确性（Danino等人，2023年；De Grazia等人，2019年；Buss等人，2015年；Khamrin等人，2011年）。然而，必须定期重新评估这些方法的性能，以确保在不断变化的流行病学环境下仍能有效检测病原体。本研究旨在使用一系列临床和流行病学上相关的病毒基因型，评估两种新开发的多重PCR检测方法（GI Viral PLUS ELITe MGB和GI Norovirus PLUS ELITe MGB?，ELITechGroup Molecular Diagnostics，法国普托）的诊断性能。
研究人群
本研究使用了存档的粪便样本，以评估GI Viral PLUS ELITe MGB试剂盒和GI Norovirus PLUS ELITe MGB?试剂盒（ELITechGroup Molecular Diagnostics，法国普托）的诊断性能。GI Viral PLUS ELITe MGB试剂盒能够检测并鉴定腺病毒（F40和F41血清型的分型）、诺如病毒（GI和GII基因组的分型）、轮状病毒（RVA）以及星状病毒（HAstV）和沙波病毒（SV）的核酸。GI Norovirus PLUS试剂盒通过熔解分析特异性检测诺如病毒GI和GII基因组。
样本集
结果
本研究评估了两种商业检测方法（GI Viral PLUS ELITe MGB和GI Norovirus PLUS ELITe MGB?）的诊断性能，这两种方法与全自动ELITe InGenius?平台结合使用。评估对象是一组因急性胃肠炎住院的儿童粪便样本，这些样本之前已通过参考分子方法和/或免疫层析方法进行分析，并被分类为阳性或阴性。
讨论
在高分析性能的综合检测方法的应用对于正确管理AGE患者至关重要，特别是在医院、长期护理机构和养老院等环境中，快速控制疫情至关重要。这些工具还有助于减少诊断差距并提高流行病学数据的收集，从而支持公共卫生监测和应对策略（Troeger等人，2018年；Zhang等人，2022年）。
结论
评估了两种更新的用于人类肠道病毒的分子检测方法。这两种方法能够检测更广泛的与AGE相关的病毒病原体。广泛采用这些分子工具可以提高诊断性能，减少诊断差距，并改变肠道病毒的流行病学状况，特别是对于像沙波病毒（SaV）和星状病毒（HAstV）这样的被低估的病原体。此外，它们还有助于将不断增长的分子数据联系起来进行研究。
作者贡献声明
Mariangela Pizzo： 方法学、数据管理、概念设计。
Marika Munacò： 方法学。
Giovanni M. Giammanco： 文章撰写、审稿与编辑、数据管理。
Gianvito Lanave： 文章撰写、审稿与编辑、数据管理。
Vito Martella： 文章撰写、审稿与编辑、数据管理。
Floriana Bonura： 文章撰写、审稿与编辑、初稿撰写、方法学、数据管理、概念设计。
Simona De Grazia： 文章撰写、审稿与编辑、初稿撰写、方法学、数据管理。
伦理批准
本研究获得了巴勒莫大学医院伦理委员会（编号02/2017）的伦理批准。
利益冲突声明
作者声明没有已知的财务利益或个人关系可能影响本文的研究结果。ELITechGroup Molecular Diagnostics提供了本研究中使用的InGenius试剂盒和消耗品。资助方未参与决定提交该论文发表。
致谢
我们感谢ELITechGroup Molecular Diagnostics提供本研究中使用的InGenius试剂盒和消耗品。资助方未参与决定提交该论文发表。
