孟加拉国血液透析患者中隐匿性乙型肝炎病毒的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequence of the hepatitis B virus from hemodialysis patients with occult infection in Bangladesh

本研究揭示了孟加拉国一名血透析患者中乙型肝炎病毒（HBV）隐匿感染的完整基因组序列，为分析HBV在透析人群中的遗传多样性提供了关键数据。

　　

摘要

乙型肝炎病毒（HBV）可导致隐匿性感染，并与肾脏疾病有关，尤其是在接受血液透析的患者中。本文报告了在孟加拉国一名患有隐匿性HBV感染的血液透析患者中鉴定出的HBV菌株的完整基因组序列。

公告

乙型肝炎病毒（HBV）感染仍然是一个全球性的健康问题，能够引起隐匿性乙型肝炎感染（OBI）。它还与肾脏疾病有关，尤其是在接受血液透析的患者中（1）。HBV属于肝病毒科（Hepadnaviridae），正肝病毒属（Orthohepadnavirus），含有约3.2 kb的部分双链环状DNA基因组（2）。该病毒具有显著的遗传多样性，被分为10个基因型（A–J），并可进一步细分为亚基因型（3）。先前的研究显示，在患有终末期肾病的血液透析患者中，OBI的发病率很高（4）。尽管在这一患者群体中已经记录到HBV感染的情况，且OBI在住院人群中较为普遍，但迄今为止，尚未发表过来自孟加拉国OBI患者的HBV完整基因组序列（5）。

从一名HBsAg阴性的血液透析患者中收集了血清样本，该患者被确诊为OBI。使用Qiagen（德国）的QIAamp DNA Mini Kit提取了总DNA。利用先前描述的基因特异性引物扩增了P、S、C和X这三个开放阅读框（ORFs）（6）。扩增的PCR产物使用GL Sciences, Inc.（东京，日本）的DNA纯化试剂盒进行纯化。纯化后的产物被合并后，使用Illumina技术进行了全基因组测序。通过改进的iNextEra协议制备了宏基因组文库。使用Illumina的DNA标签化转座体（Illumina DNA Library Prep）对DNA进行了标记处理，然后合并后的文库在Illumina NovaSeq X Plus平台上进行测序（2 × 150 bp；Novogene，美国）。初步测序得到了2240万个读段。原始的配对末端读段经过质量修剪，使用Trimmomatic（v.0.39）去除接头，保留长度大于50 bp的读段。使用FastQC（v.0.11.9）进行了质量控制。使用BWA-MEM（v.0.7.17）将读段映射到HBV参考基因组（GenBank登录号：NC_003977.2；基因组长度：3182 bp）（7）。结果比对通过Samtools（v.1.12）（8）、FreeBayes（v.1.3.5）（910）进行处理，生成了共识序列。该序列覆盖了病毒基因组的100%，平均深度为563,787倍。通过对参考基因组（GenBank登录号：OR769214.1）进行比对，在Prokka（v.1.14.6）和CLC序列查看器（v.8）中识别出重叠的ORFs。基因型和亚型通过Geno2pheno（https://hbv.geno2pheno.org/）及先前发表的方法（11）确定。除非另有说明，所有工具均使用默认参数。

鉴定出的全长环状HBV基因组（MGH_HBV-104）为3,182 bp，包含四个重叠的ORFs：P（2,499 bp）、S（1,170 bp）、C（639 bp）和X（465 bp）。其GC含量为48.8%。BLAST分析显示，该菌株与先前报道的孟加拉国HBV菌株MGH_HBV-14（OR769214.1）和BD-HBV08（MF925364.1）的序列相似度分别为99.69%和99.50%。该菌株被分类为D基因型（D2），亚型为“ayw”。

来自患有隐匿性感染的血液透析患者的这一完整基因组序列为了解孟加拉国HBV的遗传多样性提供了重要数据，并有助于未来的抗病毒耐药性监测和分子流行病学研究。

致谢

本工作得到了孟加拉国卫生和家庭福利部医学教育与家庭福利部门的资助。