Sphingobium salicis sp. nov.，一种新型内生菌，具有两个亚种，这些亚种存在于生长在原始基质上的先锋植物上

《Antonie van Leeuwenhoek》：Sphingobium salicis sp. nov., a novel endophyte with two subspecies from pioneer plants growing on primary substrates

鞘氨醇单胞菌新种Sphingobium salicis sp. nov.及分类地位研究。从云杉属茎部、杨属根部和车前草属枝条分离出WW5^{T}、11R-BB、HT1-2^{T}三个菌株，均属严格好氧革兰氏阴性杆菌，单 flagellum，最适生长30-32.5℃、pH5-8，耐盐性HT1-2^{T}（3% NaCl）> WW5^{T}和11R-BB（2% NaCl）。脂肪酸以C18:1ω7c和C16:1ω7c为主，呼吸醌为泛醌-10，磷脂以磷脂酰乙醇胺、鞘氨醇糖脂和磷脂酰甘油为主。基因组组装大小5.49-5.72 Mb，GC含量64.0-64.2%，含5404-5635个CDS。16S rRNA序列与S. yanoikuyae JCM7371^{T}同源性99.5-99.9%，但系统发育树显示独立分支。dDDH（99.8%）、ANIb（99.98%）、AF（99.5%）证实WW5^{T}与11R-BB为同一物种的亚种，HT1-2^{T}虽亲缘度较低（dDDH70%）但更接近前两者，最终建立新物种Sphingobium salicis，WW5^{T}为模式菌株（DSM120182^{T}，NCCB101075^{T}）。

　　

摘要

从生长在营养受限的岩石基质上、处于初级演替阶段的Salix sitchensis茎、Populus trichocarpa根和Pluchea carolinensis枝条中分离出了三种内生Sphingobium菌株：WW5^T、11R-BB和HT1-2^T。这些菌株均为革兰氏阴性、严格需氧、杆状、过氧化氢酶阳性，并通过单根鞭毛具有运动能力。在氮受限的复合碳培养基（NLCCM）和甘露醇-谷氨酸/卢里亚（MGL）培养基上，菌落可在2–3天内形成。这些菌株的生长温度范围为25–35°C（最适温度30–32.5°C），pH值为5–8；其中WW5^T和11R-BB可耐受高达2%的NaCl浓度，而HT1-2^T可耐受3%的NaCl浓度。其细胞脂肪酸谱以C_18:1 ω7c和C_16:1 ω7c为主。主要的呼吸醌类物质是泛醌-10，主要的极性脂质包括磷脂乙醇胺、鞘糖脂和磷脂甘油。这些菌株的混合基因组大小在5.49–5.72 Mb之间，GC含量为64.0–64.2%，包含5404–5635个编码序列。WW5^T、11R-BB和HT1-2^T的16S rRNA基因序列与 JCM 7371^T的序列具有99.5–99.9%的相似性，但在邻接法、最大似然法和最大简约法构建的系统发育树中形成了独立分支。成对数字DNA-DNA杂交分析（dDDH；99.8%）、基于BLAST的平均核苷酸同一性分析（ANIb；99.98%）以及对齐分数分析（AF；99.5%）表明WW5^T和11R-BB属于同一物种。HT1-2^T与WW5^T和11R-BB的亲缘关系较低（dDDH为70%；ANIb为95.05–95.31%；AF为76–79%），但与WW5^T和11R-BB的亲缘关系更近，因此应将其归类为同一物种的亚种。根据系统基因组学、基因组学和表型证据，这些菌株构成一个新的物种，命名为 sp. nov.，其中WW5^T（DSM 120182^T，NCCB 101075^T）被指定为模式菌株。