从孟加拉国一只健康的土耳其梵猫（Turkish Van）体内分离出的粪肠球菌（Enterococcus faecium）菌株的基因组测序工作

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequencing of an Enterococcus faecium strain isolated from healthy cat (Turkish Van) in Bangladesh

本研究完成健康土耳其猫鼻拭子分离的肠球菌属（Enterococcus faecium）SBH-SAU.Ef.2025菌株基因组测序，分析显示其基因组含159个contig，总长2,772,570 bp，GC含量38%，携带2个毒力因子（scm基因）和5个抗生素耐药基因（包括vanY、efmA、efrA及AAC(6′)-Ii）。

　　

摘要

粪肠球菌（Enterococcus faecium）是一种具有致病性和益生菌特性的乳酸菌，对公共卫生具有重要意义。我们报告了从一只健康猫的鼻拭子中分离出的E. faecium菌株SBH-SAU.Ef.2025的基因组草图。该基因组长度为2,772,570 bp，包含159个contigs，GC含量为38.0%。

公告

粪肠球菌是一种革兰氏阳性、兼性厌氧、γ-溶血或非溶血性的乳酸菌，在自然界中广泛分布。它定植于人类和动物的胃肠道及其他器官，也可从植物、土壤、淡水和海洋环境中以及食物中分离出来（1–3）。这种细菌具有多种特性，既可以作为机会性病原体，也可以作为益生菌，并携带毒力和抗菌基因簇，这凸显了其在公共卫生、食品安全和人畜共患病传播方面的重要性（2, 4）。在本研究中，从孟加拉国达卡（23.79°N, 90.30°E）一只健康的土耳其梵猫（Turkish Van）的鼻拭子中分离出了E. faecium菌株SBH-SAU.Ef.2025，以分析其遗传特征并评估其对动物和人类健康的潜在影响。 使用无菌棉签采集了这只土耳其梵猫的鼻拭子样本，并立即将其转移到含有PBS的无菌试管中，置于4°C条件下进行进一步处理和检测。在4小时内，将拭子在37°C的含营养物质培养基（Oxoid, UK）中过夜富集，随后进行10?3倍稀释，并将稀释后的培养基涂布在链球菌选择性琼脂（HiMedia, India）上，37°C下培养24小时。然后将单个菌落转接到新鲜的琼脂平板上，37°C下培养24小时以获得纯化菌株。通过菌落形态（表现为透明、玻璃状的无色菌落）和革兰氏染色（显示为革兰氏阳性球菌）对E. faecium菌株进行表型鉴定。通过QIAamp DNA Mini Kit（QIAGEN, Germany）从含营养物质培养基中提取基因组DNA（5, 6）。使用Nextera DNA Flex Kit（Illumina, USA）从1 ng的DNA制备DNA测序文库（7），并在Illumina MiSeq平台上进行测序，产生2 × 250 bp的双端读长序列，共计1,795,600条读长（SRR35925284），平均测序深度约为300×（8, 9）。使用FastQC v0.11.3对原始序列数据进行质量检查（10）。随后使用Trimmomatic v0.39.2去除Illumina接头、已知杂质和phiX序列（11）。使用SPAdes v4.0.0对清洗后的双端读长进行组装，得到一个长度为2,772,570 bp的基因组（2.8 Mb），包含159个contigs，GC含量为38%。利用NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline（PGAP v6.10）（13）对基因组进行注释，预测出2,804个基因，包括2,749个编码序列和55个RNA（6个rRNA、45个tRNA和4个ncRNA）（表1）。使用Virulence Factor Database（VFDB v6.0）的核心数据集（14）筛选毒力因子，使用Comprehensive Antibiotic Resistance Database（CARD v3.2.4）（15）筛选抗菌耐药基因（ARGs），设定覆盖度阈值为80%、核苷酸同源性阈值为80%。在菌株SBH-SAU.Ef.2025中鉴定出两个编码胶原结合黏附素的scm基因作为毒力因子。此外还检测到5个ARGs，其中包括vanB簇中的两个vanY基因拷贝，以及efmA、efrA和AAC(6′)-Ii基因。除非另有说明，所有软件均使用默认参数。

表1 从健康猫鼻拭子中分离出的E. faecium菌株SBH-SAU.Ef.2025的基因组特征

>覆盖度（×） >N₅₀值（bp） >contigs数量 >基因总数 >编码基因数量 >含蛋白质的CDS数量 >rRNA数量 >5S rRNA >16S rRNA >23S rRNA >完全成熟的rRNA >部分成熟的rRNA >tRNA数量 >ncRNA数量 >伪基因总数 >无蛋白质的CDS数量 >含不确定残基的伪基因数量 >移码伪基因数量 >不完整的伪基因数量 >内部终止伪基因数量 >存在多个问题的伪基因数量 >抗菌耐药基因（ARGs）数量 >VFGs数量

基因组特征	E. faecium SBH-SAU.Ef.2025
GenBank登录号	JBRIQE000000000
BioSample登录号	SAMN51821915
组装基因组大小（bp）	27,72,570
GC含量%	38
300
80,256
159
2,804
2,663
2,663
55
2
1
2
1
1
45
4
86
86
0
33
47
21
12
5
2

致谢

本工作得到了孟加拉人民共和国科学技术部（MoST）的研究资助（项目编号：MoST-SRG 221342）。