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综述:线粒体碱基编辑技术:从原理、优化到应用
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年02月10日 来源:Cell & Bioscience 6.1
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本文系统综述了线粒体DNA(mtDNA)碱基编辑技术的最新进展,重点介绍了DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器(DdCBEs)和TALE连接的脱氨酶(TALEDs)的开发与优化,及其在建立疾病模型和基因治疗中的应用前景。文章详细解析了通过转录激活因子样效应核酸酶(TALENs)和锌指核酸酶(ZFNs)实现线粒体特异性C-to-T和A-to-G转换的机制,并探讨了当前技术面临的脱靶编辑、序列偏好性等挑战。
传统基因组编辑工具难以靶向线粒体,主要因gRNA递送障碍和线粒体缺乏DNA双链断裂修复机制。2016年,科学家从伯克霍尔德菌中发现能直接作用于双链DNA的DddA脱氨酶,通过将其分裂为无活性的DddAtox-N/C两半并与TALE蛋白融合,成功开发出首个线粒体特异性胞嘧啶编辑器DdCBEs,实现5-50%的C-to-T转换效率。
为克服原始DdCBEs的TC序列偏好性,研究者通过噬菌体辅助连续进化(PACE)获得DddA6变体(Q1310R/S1330I/T1380I/T1413I),使TC背景编辑效率提升3.3倍。更突破性的DddA11变体(S1330I/A1341V等)将靶向范围扩展至HC(H=A/C/T)序列。单链编辑难题通过融合ssDNA脱氨酶xAID解决,而单体化mDdCBEs(S1326G/G1348S等突变)则实现AAV递送,在ND4位点达到99.1%编辑效率。
腺嘌呤编辑器TALEDs的诞生同样精彩:将大肠杆菌TadA8e脱氨酶与失活的DddAtox(E1347A)融合,形成可编辑A-to-G的sTALEDs(27%效率)。优化后的6CN-Q1310A-AD-V106W-NES1变体通过引入V106W突变,将效率提升至75%。为增强特异性,V28R/R111S变体在保持50%靶向效率同时显著降低RNA脱靶。
这些工具已成功构建多种动物模型:在小鼠ND5基因引入m.G12918A(对应人类m.G13513A)突变模拟Leigh综合征,表现为脑室扩大和海马萎缩;大鼠m.G14098A模型则出现运动障碍和扩张型心肌病。更令人振奋的是,在人类三原核胚胎中,DdCBEs在ND1(G3733A)和TRNK(G8363A)位点分别实现58.97%和44.54%的编辑效率,为母系遗传病治疗奠定基础。
当前技术仍面临三大瓶颈:1)脱靶问题,DdCBEs可引发核基因组数千个C-to-T突变;2)编辑类型局限,仅能实现C-to-T/A-to-G转换;3)异质性调控精度不足。未来需开发新型脱氨酶扩大编辑类型,结合单碱基分辨率设计提升特异性。随着递送技术的进步,线粒体碱基编辑有望成为治疗Leber遗传性视神经病变(LHON)、MELAS综合征等疾病的利器,开启精准线粒体医学新时代。
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