北京大学(Beijing National Laboratory for Molecular Sciences, Center for Integrated Spectroscopy, College of Chemistry and Molecular Engineering, Peking University)的研究人员 Zhen Sun、Yao Zhang 等人在《Nature Communications》期刊上发表了题为 “Strain release by 3D atomic misfit in fivefold twinned icosahedral nanoparticles with amorphization and dislocations” 的论文。这篇论文在晶体生长、材料科学等领域具有重要意义,它为深入理解五重孪晶二十面体纳米颗粒的结构和应变释放机制提供了关键信息,有助于推动相关领域的进一步发展。
图像预处理和断层重建:通过互相关对每个角度采集的三个连续图像进行配准,然后平均为一个图像,以校正扫描过程中引入的线性阶段漂移。利用块匹配和三维滤波(BM3D)算法对配准后的图像进行去噪,选择能去除大部分噪声且不抹去晶格细节信息的参数应用于漂移校正后的图像。之后,使用实空间迭代重建(RESIRE)算法对预处理后的图像进行重建,经过 200 次迭代后 R 因子收敛,并采用角度精修和空间重对齐来最小化由于样品架旋转和阶段不稳定导致的角度误差,直至无法进一步改善角度校正和重建质量,得到最终的重建结果。
三维原子坐标确定和化学物种分类:通过多项式拟合确定三维重建中的局部最大值和峰值位置,根据最小原子间距约束确定可能的原子位置,再进行三维多项式拟合得到精确的原子坐标。对于自动追踪原子过程中出现拟合失败的情况,进行手动校正。通过 K -means 聚类,基于以每个原子为中心的 7×7×7 体素内的积分强度,将所有原子分类为 Au 和 Pd。由于缺失楔形效应和噪声,对初始分类模型进行局部重新分类和手动校正,得到最终结果。
其他计算:计算平均局部键取向序(BOO)参数、晶体结构确定、键长计算、立体角和堆积效率计算、应变计算,并进行误差分析。此外,利用大规模原子 / 分子大规模并行模拟器(LAMMPS)进行分子动力学(MD)模拟,对约 5 nm 直径、包含 3580 个原子的 Au 纳米颗粒从 1500 K 退火至 300 K,重复 100 次,采用多体嵌入原子法原子间势和周期性边界条件,在 NVT 系综下进行模拟。
五重轴的配位环境:在 ICNP - 1 中,12 个轴(6 个 C5 轴和 6 个 C5′轴)汇聚于一个中心原子。C5 轴呈现均匀膨胀,具有局部十二配位环境;C5′轴则存在边缘位错,导致轴弯曲、配位环境改变,配位多面体中的键长也相应变化。通过量化十二面体中特定键长相对于标准 Au - Au 键长的偏差,发现 C5′轴上的键长偏差更明显,如 capping atom bond α 被压缩,ring atom bond γ 被拉伸,capping - ring atom bond β 在 C5 轴被压缩,在 C5′轴被拉伸。其他 ICNPs 在五重轴的配位环境和键长两面分布上与 ICNP - 1 相似。
立体角分布和空间填充机制:研究人员测定了 ICNP - 1 中所有 20 个四面体的立体角,发现 C5 面上晶体域的立体角接近标准 fcc 晶格的 31.6°,C5′面上的立体角大多大于 36°,且呈现分层分布。C5 面上的四面体紧密堆积,原子数较多;C5′面上的四面体原子数较少,但立体角较大。计算 ICNP - 1 中所有四面体的原子堆积效率(PE),发现从 C5 面到 C5′面,平均 PE 下降约 5%,部分域的 PE 低于随机密堆积。其他 ICNPs 在四面体的原子数、立体角和 PE 上也呈现类似的两面分布趋势。