BRD4互作基因作为肝细胞癌预后标志物:优化治疗策略的四基因模型研究

【字体: 时间:2025年02月16日 来源:Scientific Reports 3.8

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  本研究针对肝细胞癌(HCC)预后评估和治疗耐药难题,通过整合TCGA-LIHC数据库和BRD4互作基因(BI-DEGs)分析,构建了包含EZH2、KIF20A、G6PD和KIF2C的四基因预后模型。该模型在训练和验证队列中均显示优异预测性能,并揭示高风险组独特的免疫特征和药物敏感性差异。实验证实BRD4抑制剂ZBC260与EZH2抑制剂CPI-169联用可协同诱导肝癌细胞凋亡,为克服耐药性提供新策略。

  

肝细胞癌是全球癌症相关死亡的第四大原因,五年生存率不足20%,晚期患者治疗选择尤为有限。这种恶性肿瘤的发生与乙肝病毒(HBV)、丙肝病毒(HCV)感染以及代谢异常密切相关,但现有诊断方法难以实现早期发现,而治疗耐药性又成为提高疗效的主要障碍。在表观遗传调控领域,BRD4作为BET家族蛋白成员,通过其溴结构域与乙酰化染色质相互作用,在维持基因组稳定性、DNA修复和细胞死亡调控中发挥关键作用。虽然BRD4抑制剂在血液肿瘤中显示疗效,但在实体瘤治疗中面临耐药挑战,这促使科学家探索针对BRD4及其互作蛋白的联合治疗方案。

为破解这一难题,研究人员通过分析TCGA-LIHC数据集,筛选出46个BRD4互作差异表达基因(BI-DEGs),并运用LASSO回归构建了四基因预后模型。该研究主要采用生物信息学分析结合体外实验验证的技术路线:基于TCGA和GEO数据库的RNA测序数据筛选BI-DEGs;通过LASSO-Cox回归建立风险评分模型;利用GSVA进行通路富集分析;采用TIMER、CIBERSORT等算法评估免疫细胞浸润;通过CCK8实验和流式细胞术验证药物组合效果。

Identification and analysis of BRD4-associated DEGs in HCC

研究首先鉴定出3,257个HCC差异表达基因,与BRD4互作基因集交叉获得46个关键基因。PPI网络分析显示CDK1、CCNA2等形成核心互作模块,功能富集揭示这些基因主要参与细胞周期、免疫应答等肿瘤相关通路。染色体定位分析发现这些基因广泛分布于各染色体,其中7号染色体分布密度最高。

Establishment and confirmation of a HCC Prognostication Model utilizing BI-DEGs

通过机器学习构建的EZH2-KIF20A-G6PD-KIF2C四基因模型,在TCGA训练集和GSE14520验证集中均显示优异预测性能。高风险组患者总体生存期显著缩短(HR=2.74,P<0.001),模型AUC值达0.82。GSVA分析显示高风险组富集于DNA修复和信号转导通路,而低风险组与炎症反应相关。

Integrative analysis of immune landscape and clinical outcomes

免疫浸润分析揭示高风险组中静息肥大细胞和M0型巨噬细胞显著增多,而抗肿瘤免疫相关的CD4+记忆T细胞减少。TIDE评分显示高风险组具有更强的免疫逃逸能力。Nomogram整合临床因素后,对1-5年生存率的预测误差仅±8%。

Anticancer drug sensitivity

药物敏感性预测显示高风险组对SB216763(GSK-3β抑制剂)和PLX-4720(BRAF抑制剂)更敏感,而对Crizotinib(ALK抑制剂)耐药。这种差异可能与Wnt/β-catenin通路激活状态相关。

Validation experiments

体外实验证实BRD4和EZH2在肝癌组织中共表达,且共享转录因子结合位点。10 nM ZBC260与5 μg/mL CPI-169联用使HepG2细胞凋亡率提升3.2倍(P<0.01),Western blot显示该组合显著上调Cleaved-caspase-3表达,同时下调Bcl-2水平。

这项研究创新性地将BRD4互作网络分析与预后模型构建相结合,不仅提供了可临床转化的四基因标志物系统,更通过表观遗传调控机制研究,证实了BRD4-EZH2双重靶向治疗的协同效应。特别值得注意的是,研究发现KIF20A通过调控FBXW7-c-Myc轴影响免疫治疗响应,这为理解细胞骨架蛋白在肿瘤免疫中的作用提供了新视角。在转化医学方面,研究提出的风险分层模型可指导个体化用药选择,如预测患者对KRAS(G12C)抑制剂的敏感性差异,而ZBC260与CPI-169的协同效应则为克服BRD4抑制剂耐药提供了实验依据。这些发现对改善HCC精准诊疗体系具有重要价值,相关作用机制也为其他实体瘤联合治疗策略开发提供了参考范式。

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