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为解决肾透明细胞癌(KIRC)早期诊断困难、预后差及缺乏有效生物标志物等问题,研究人员开展了 TRIM36 与 KIRC 关系的研究。结果发现 TRIM36 在 KIRC 中高表达且与不良预后相关,还能促进癌细胞增殖和迁移。该研究为 KIRC 诊疗提供新方向。
肾细胞癌(Renal cell carcinoma,RCC)在全球范围内,是男性第六大、女性第十大常见癌症,而肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)作为其最主要的亚型,约占 RCC 病例的 80%。然而,KIRC 早期诊断困难,对化疗耐药,免疫治疗效果有限,患者预后较差。目前,人们对 KIRC 的发病机制了解有限,也缺乏敏感的肿瘤生物标志物。因此,寻找有效的预后生物标志物,深入了解其潜在分子机制,对改善 KIRC 的临床诊疗意义重大。
为了攻克这些难题,徐州医科大学的研究人员开展了一项关于 TRIM36 与 KIRC 关系的研究。该研究成果发表在《Heliyon》杂志上,为 KIRC 的诊疗带来了新的曙光。
研究人员主要运用了以下关键技术方法:通过从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、基因型 - 组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEx)等数据库获取数据,进行基因表达和泛癌分析;利用 LinkedOmics、STRING 等数据库及 Cytoscape 软件构建蛋白质 - 蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络筛选相关基因;采用伤口愈合实验、Transwell 实验探究细胞增殖和迁移能力;借助多种数据库及算法分析免疫浸润情况;运用 R 语言及相关软件包进行统计分析。
下面来详细看看研究结果:
- TRIM36 表达泛癌分析及其在 KIRC 中的上调与不良预后相关:研究人员利用 LinkedOmics 的 LinkFinder 模块筛选出与 KIRC 总体生存相关的候选基因,发现 TRIM36 等基因的高表达与不良预后显著相关。通过对多个数据库数据的分析,证实 TRIM36 在包括 KIRC 在内的多种肿瘤中表达显著升高。进一步研究发现,KIRC 患者中 TRIM36 高表达与疾病特异性生存(disease-specific survival,DSS)、无进展生存期(progression-free interval,PFI)和总生存期(overall survival,OS)较差相关,RT-qPCR 实验也验证了这一结果。
- TRIM36 在 KIRC 中的预后价值及与临床病理特征的关联:通过对多种癌症的研究,再次证实 TRIM36 与 KIRC 患者的不良预后相关。ROC 曲线和时间依赖性 ROC 曲线分析表明,TRIM36 对 KIRC 患者的生存预测具有较高准确性,尤其是在早期。单因素和多因素 COX 回归分析以及列线图构建,进一步确认了 TRIM36 在 KIRC 中的预后价值,且其表达与肿瘤分期、分级等临床病理特征相关,随着肿瘤进展,TRIM36 表达逐渐升高。
- TRIM36 潜在调控的 mRNA:研究人员通过对 TCGA 和 LinkedOmics 数据库数据的分析,筛选出与 TRIM36 表达显著相关的基因。构建 PPI 网络并进行生存分析和 ROC 曲线分析后发现,DLGAP5、CEP55 等 mRNA 与 KIRC 患者的预后和诊断密切相关,且可能受 TRIM36 调控。
- 探索 TRIM36 在 KIRC 中的潜在机制和通路富集评估:对筛选出的基因进行 GO 和 KEGG 分析,发现 TRIM36 相关基因在细胞分裂、细胞周期调控等功能中显著富集,KEGG 通路分析也显示其参与细胞周期等关键通路。GSEA 分析表明,TRIM36 低表达组中与膜转运和肾功能相关的基因集富集,提示 TRIM36 可能通过影响这些通路参与 KIRC 的发展。
- TRIM36 水平与免疫细胞浸润能力的关联:利用 TISIDB 网站分析发现,TRIM36 与 KIRC 中的肿瘤浸润淋巴细胞(Tumor-Infiltrating Lymphocytes,TILs)显著相关,尤其是与活跃的 CD4+T 细胞、髓源性抑制细胞(Myeloid-Derived Suppressor Cells,MDSCs)等。分析 Stromal、Immune 和 ESTIMATE 评分,发现 TRIM36 与这些评分相关,表明其在肿瘤免疫微环境中具有重要作用。此外,研究还发现 TRIM36 与免疫检查点蛋白如 PD - 1(PDCD1)、CTLA - 4 等呈正相关,提示其可能影响肿瘤免疫逃逸机制。
- TRIM36 促进 KIRC 细胞增殖和迁移:在 786O 细胞中过表达 TRIM36 后,通过 Transwell 实验和伤口愈合实验证实,TRIM36 能显著促进 KIRC 细胞的侵袭和迁移能力。
综上所述,该研究首次揭示了 TRIM36 在 KIRC 中具有促进肿瘤发展的作用,是一种新的肿瘤促进因子和诊断预后标志物。这一发现为 KIRC 的诊疗提供了新的潜在靶点,有助于开发更精准的诊断方法和治疗策略,对提高 KIRC 患者的生存率和生活质量具有重要意义。然而,研究也存在一定局限性,如主要依赖公共数据库,缺乏临床样本验证等。未来还需要进一步开展临床研究,验证 TRIM36 作为生物标志物的临床适用性,深入探究其在 KIRC 中的作用机制,为 KIRC 的临床诊疗带来更多突破。