编辑推荐：
本研究通过单细胞ATAC-seq技术，解析了肾透明细胞癌（ccRCC）的染色质可及性特征，揭示了肿瘤细胞及相关细胞亚群的表观遗传调控机制，为ccRCC的治疗提供了新的策略。
肾透明细胞癌（ccRCC）是泌尿系统中最常见的恶性肿瘤之一，其遗传特征与肿瘤异质性和遗传易感性密切相关。表观遗传调控在肿瘤发生和进展中发挥重要作用，而染色质可及性作为表观遗传调控的关键途径，能够反映基因表达的调控网络。近年来，单细胞ATAC-seq技术的发展为研究肿瘤细胞的表观遗传特征提供了新的视角。本研究由广西医科大学第一附属医院的研究团队开展，旨在通过单细胞ATAC-seq技术解析ccRCC的染色质可及性特征，揭示其表观遗传调控机制。
研究团队对3例人类ccRCC样本（RCC30、RCC61和RCC76）进行了高通量单细胞ATAC-seq分析，共获得18,703个高质量细胞核和104,818个独特峰值。研究结果表明，ccRCC样本中不仅包含肿瘤细胞，还涵盖了内皮细胞（EC）、癌症相关成纤维细胞（CAF）和免疫细胞等多种细胞类型。通过对这些细胞的染色质可及性分析，研究人员揭示了ccRCC的全面表观遗传特征，并展示了单细胞ATAC-seq数据的完整分析流程。
在技术方法方面，研究人员首先从ccRCC样本中提取单细胞核，利用10x Genomics Chromium平台构建DNA文库，并通过Novaseq6000进行测序。随后，利用Seurat和Signac R包对数据进行下游分析，包括细胞聚类、基因活性评分、细胞亚群特异性峰值分析、转录因子（TF）和motif分析等。研究结果表明，ccRCC样本中存在多个细胞亚群，其染色质可及性特征在不同细胞类型之间存在显著差异。例如，肿瘤细胞亚群中特异性高表达的基因包括CTB-164N12.1、ATRNL1、KRT14和RP11-118K6.3等。此外，研究人员还通过motif分析和转录因子足迹分析，鉴定出与细胞类型特异性相关的转录因子，如HNF1B/HNF1A（肿瘤细胞）、SOX8/SOX9（内皮细胞）、EBF2/EBF3（CAF）等。
研究结论强调，单细胞ATAC-seq技术为解析ccRCC的表观遗传调控特征提供了高分辨率的视角。通过分析染色质可及性，研究人员不仅揭示了肿瘤细胞的异质性，还发现了与肿瘤发生和进展相关的潜在调控机制。这些发现为未来ccRCC的诊断和治疗提供了新的靶点和策略，并为表观遗传学在肿瘤研究中的应用提供了重要参考。该研究发表在《Scientific Data》杂志上，为肾癌领域的研究者提供了宝贵的数据资源和分析方法。
