LapEx:多模态数据集为腹腔镜手术研究注入新活力

【字体: 时间:2025年02月27日 来源:Scientific Data 5.8

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  为解决腹腔镜手术数据稀缺、标注单一及变异性未评估等问题,法国格勒诺布尔阿尔卑斯大学研究人员构建 LapEx 多模态数据集,涵盖多种标注,分析标注变异性,为外科数据科学(SDS)研究提供资源。

  腹腔镜手术如今在医疗领域应用广泛,尤其是袖状胃切除术,作为常见的减肥手术,每年全球约有 38 万例。然而,外科数据科学(Surgical Data Science,SDS)发展却面临诸多困境。在腹腔镜手术数据方面,大量真实且带注释的数据集十分匮乏,这严重制约了机器学习技术在此领域的应用。现存多数公开数据集问题不少,要么聚焦于低粒度的手术过程注释,比如仅标注手术阶段或步骤;要么只是针对器械或特定器官的图像分割。而且,很多数据集使用动物模型,与临床实际情况相差甚远,难以真实反映人体手术场景。更为关键的是,标注的变异性很少得到评估,这使得基于这些数据训练的模型可靠性大打折扣。
为了突破这些困境,推动 SDS 的发展,来自法国格勒诺布尔阿尔卑斯大学(Univ. Grenoble Alpes)等机构的研究人员展开了深入研究。他们精心构建了一个全新的多模态数据集 ——LAParoscopic EXpertise(LapEx)。这一数据集聚焦于腹腔镜袖状胃切除术,涵盖了丰富的信息,为后续研究带来了新的曙光。相关研究成果具有重要意义,为 SDS 研究提供了宝贵资源,有助于评估新的手术数据科学方法,推动其在不同手术中的应用。

在研究过程中,研究人员采用了多种关键技术方法。数据采集上,通过一项单中心回顾性医学研究,获取 30 例袖状胃切除术视频,经伦理审批并对数据去标识化处理。注释方面,运用专门软件,如 b [Annotate] 和 CamiTK,进行手术过程注释、手术技能注释和语义分割注释。同时,利用统计学方法,如 Cohen’s Kappa 系数和平均交并比(mIoU),评估注释的变异性和一致性 。

下面详细介绍研究结果:

  • 数据集构建:LapEx 数据集包含 30 例由两位资深外科医生在助手协助下完成的袖状胃切除术视频,均为 25 帧 / 秒。数据集中的注释丰富多样,手术过程注释采用四元组详细描述手术中各动作;技能注释涵盖手术医生身份识别和手术场景暴露质量评估;语义分割注释对 735 张图像进行像素级分割,识别 11 种器官或器械类别 。
  • 手术过程注释分析:研究人员对手术过程注释的变异性进行研究,让参与注释的科学家在初次注释一年后重新注释同一手术。结果发现,长动作注释一致性较高,短动作注释差异较大,主要源于目标组件注释的不同。通过 Cohen’s Kappa 系数统计分析,不同手术人员手部动作注释的一致性有所差异,如外科医生左手注释的,几乎完美一致;而外科医生右手注释的 ,为中等程度一致。
  • 手术场景暴露质量注释验证:为评估手术场景暴露质量注释的评分者间变异性,研究人员邀请一位未参与研究的专家对 80 个样本进行评估。使用 Cohen’s Kappa 系数(二次加权)分析,总体,为中等程度一致,且对不同医生手术的评估一致性存在差异,对医生 1 评估的,为实质性一致;对医生 0 评估的,为一般程度一致 。
  • 语义分割注释评估:三位注释者对从数据集中选取的 36 张图像进行语义分割,通过计算 mIoU 评估一致性。结果显示,不同注释者对不同器官或器械的分割一致性不同。注释者 AD 与 SV 的 mIoU 最高,为 0.79;注释者对压缩物、腹壁等结构分割一致性较高,而对脾脏、膈肌和胃的分割一致性较低,这是因为脾脏少见且难见、膈肌边界模糊、胃周围脂肪组织易混淆 。

综合来看,LapEx 数据集是首个公开的袖状胃切除术多模态注释数据集,为 SDS 研究提供了重要资源,有助于评估新方法并推动其在不同手术中的应用。不过,该数据集也存在局限性,如数据来源于单中心、两位专家医生,样本量较小,仅针对手术的一个步骤进行注释,暴露质量注释具有主观性且语义注释范围有限等。在未来研究中,若能扩大数据集规模,涵盖更多中心、不同经验水平医生的手术数据,增加注释的客观性和全面性,将进一步提升其价值,推动腹腔镜手术研究迈向新高度,更好地服务于肥胖症治疗等临床实践。
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