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为探究 COVID-19 引发的急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中肾移植与非肾移植患者免疫差异,广西医科大学第二附属医院研究人员开展单细胞 RNA 测序研究,发现关键免疫细胞亚群差异,为治疗提供新思路。
在 2019 年末,一场由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的全球性公共卫生危机 —— 新冠肺炎(COVID-19)突然来袭,迅速在全球范围内蔓延。这场疫情带来了诸多严重的健康问题,其中急性呼吸窘迫综合征(ARDS)尤为棘手。ARDS 是一种复杂的临床综合征,主要特征是肺泡损伤和炎症反应,患者肺部会出现肺水肿、透明膜形成以及肺泡出血等病理变化 ,即便采用标准的治疗手段,如肺保护性通气策略和保守的液体管理,其死亡率仍然居高不下。
更为严峻的是,肾移植患者(KTRs)在这场危机中面临着更大的挑战。由于长期使用免疫抑制剂来降低器官排斥风险,他们的免疫系统较为脆弱,更容易感染 SARS-CoV-2,这使得他们患 ARDS 的几率大幅增加,治疗难度也显著提升,死亡率更是不容乐观。而且,COVID-19 引发的 ARDS 在病理生理机制上与传统 ARDS 存在明显差异,这进一步加大了治疗的复杂性,目前仍缺乏有效的药物治疗方案。因此,深入了解肾移植患者和非肾移植患者在 COVID-19 引发的 ARDS 中的免疫反应差异,寻找潜在的治疗靶点,成为了亟待解决的医学难题。
为了攻克这一难题,广西医科大学第二附属医院的研究人员挺身而出,开展了一项极具意义的研究。他们运用单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)技术,对 108,320 个源自外周血样本的细胞进行分析,构建了肾移植患者(ARDSKT )、非肾移植患者(ARDSNKT )的 COVID-19 引发的 ARDS 全球单细胞图谱,以及健康对照组图谱。通过深入研究,他们发现了不同细胞亚群在免疫反应中的关键作用,为改善 ARDSKT 患者的治疗策略提供了重要依据。该研究成果发表于Scientific Reports期刊。
在研究过程中,研究人员采用了多种关键技术方法。首先,他们收集了 18 例外周血样本,包括 8 例未接受肾移植的 COVID-19 引发的 ARDS 患者、5 例接受肾移植的患者以及 5 例健康个体。接着,通过密度离心法从全血样本中获取单细胞悬液,利用特定试剂盒制备单细胞 RNA 测序文库,随后进行测序获取数据。之后,运用基于 R 语言的 Seurat 包对数据进行质量控制、整合和聚类分析,借助 Uniform Manifold Approximation and Projection(UMAP)算法进行降维和可视化处理。同时,使用多种 R 包和软件进行功能富集分析、拟时分析、基因调控网络(GRN)分析以及细胞间通讯分析,全面深入地探究细胞亚群的功能和相互作用。
研究结果主要体现在以下几个方面:
- scRNA-seq 概述及 ARDS 主要细胞类型鉴定:研究人员成功构建了 COVID-19 的综合单细胞图谱,鉴定出 7 种主要细胞类型。与对照组相比,患者组中 B 细胞、巨核细胞(MK)和单核细胞数量增加,T 细胞数量减少,且 ARDSNKT 组中 CD8+T 细胞、B 细胞、MK 和初始 T 细胞的丰度高于 ARDSKT 组,这表明 ARDSKT 患者可能存在免疫反应减弱的情况。
- S100A9+MK 亚群在 ARDS 炎症反应中的关键作用:研究人员识别出 8 个 MK 亚群,发现 S100A9+MK 亚群在 ARDSKT 组中丰度增加。该亚群通过激活 NF-κB 信号通路,促进炎症细胞因子如 CXCL8、IL-10 和 TNF 的产生,可能在细胞因子风暴形成中发挥关键作用,进而加剧肾移植患者 ARDS 的进展。
- ARDSKT中免疫抑制减少 S100A12+单核细胞亚群引发的炎症反应:研究人员鉴定出 9 个单核细胞亚群,S100A12+单核细胞亚群在 ARDSNKT 组中丰度显著升高,在 ARDSKT 组中则显著降低。该亚群可激活趋化因子信号通路,促进炎症反应。而肾移植患者由于免疫抑制治疗,抑制了这一炎症反应,在一定程度上减轻了炎症。
- CXCR4+B 亚群丰度降低介导 ARDSKT的恶化:研究人员识别出 9 个 B 细胞亚群,CXCR4+B 亚群在健康对照组中丰富,在 ARDS 患者中显著减少,在 ARDSKT 患者中减少更为明显。该亚群在 B 细胞介导的免疫和病毒防御反应中起重要作用,其丰度降低可能影响 B 细胞介导的免疫功能,间接促进 ARDS 的发展。
- XAF1+Teff 亚群促进细胞凋亡,介导 ARDSKT炎症的形成:研究人员鉴定出 9 个 CD8+T 细胞亚群,XAF1+Teff 亚群在 ARDSKT 组中丰度显著增加。该亚群激活细胞凋亡过程,高表达促凋亡基因,可能削弱 Teff 细胞清除病毒的能力,阻碍免疫重建,促进慢性炎症发展,加剧移植后 ARDS 的进展。
- COVID-19 细胞间通讯的全局分析及配体 - 受体相互作用网络的构建:研究人员推断出细胞相互作用网络,发现不同细胞亚群在免疫检查点、细胞因子、生长因子等方面存在多种相互作用。如 BTL4-TNFSF14 信号轴介导细胞亚群间的相互作用,激活炎症信号通路;MK 通过分泌 PPBP 作用于淋巴细胞和单核细胞的 CXCR2 受体;S100A9+MK 亚群通过 TGFB1-CXCR4 信号轴与多种细胞亚群相互作用等。
在研究结论和讨论部分,研究人员通过单细胞 RNA 测序分析,全面揭示了 COVID-19 引发的 ARDS 患者免疫细胞亚群的功能差异,尤其是肾移植和非肾移植患者之间的差异。他们识别出多个关键免疫细胞亚群,如 MK、单核细胞、B 细胞和 CD8+T 细胞,详细探讨了它们在免疫反应和疾病进展中的不同作用。该研究首次比较了肾移植和非肾移植的 COVID-19 引发的 ARDS 患者中多种免疫细胞的功能状态和作用,填补了相关研究空白,为理解疾病严重程度提供了关键信息。不过,研究也存在一定局限性,如样本量小且来源单一、免疫抑制剂可能干扰免疫反应评估、仅分析了外周血而未涉及局部免疫微环境等。未来研究需要扩大样本量,结合动物模型和长期随访,以更全面地了解免疫机制。总体而言,这项研究揭示了免疫细胞亚群在 ARDS 进展中的关键作用,尤其是肾移植患者的免疫失调,为免疫调节治疗提供了新的思路,有望改善这些患者的预后。