编辑推荐：
为解决众多马属动物病毒感染未确诊问题，瑞典农业科学大学研究人员开展马匹病毒研究，发现多种病毒，为后续研究奠基。
在马的世界里，病毒就像隐藏在暗处的 “幽灵”，时刻威胁着它们的健康。全球约有 6000 万匹马，欧洲有 500 万匹，瑞典也有 36 万匹。这些可爱的动物一旦感染病毒，不仅自身的福利会受损，还会给全球养马产业带来巨大的经济损失。像马疱疹病毒（EHV-1 和 EHV-4）、马流感病毒等，都是让养马人头疼不已的 “常客”。然而，即便人们对一些常见的马病毒有所了解，还是有许多疑似病毒感染的病例无法确诊，这就像一团迷雾，笼罩在马属动物健康的上空。
为了拨开这团迷雾，瑞典农业科学大学（Swedish University of Agricultural Sciences）的研究人员安妮 - 莉?布洛姆斯特伦（Anne-Lie Blomstr?m）等人开展了一项意义重大的研究。他们利用病毒宏基因组学技术，对瑞典马匹的血清样本和鼻拭子进行了深入探究。这一研究成果为我们了解马属动物病毒的 “真面目” 提供了新的视角，就像给研究人员配备了一双 “透视眼”，让那些隐藏的病毒无所遁形。
研究人员在开展研究时，主要运用了以下几种关键技术方法：
- 样本采集：从 37 匹高热（>38.5°C）且常规诊断未确定发热原因的马匹和 27 匹非发热的对照马中，采集血清样本和单侧鼻拭子。
- 核酸提取与处理：对样本进行过滤、核酸提取，通过多种试剂盒和酶处理，去除细菌、宿主 DNA 和核糖体 RNA（rRNA）等。
- 测序相关技术：进行 cDNA 和 DNA 标记、随机 PCR（rPCR）扩增，构建测序文库后进行纳米孔测序（Nanopore sequencing）。
- 数据分析：利用 EPI2ME、CLC Genomics Workbench 等工具进行序列分析、注释、基因特征分析和系统发育分析，还通过定量 PCR（qPCR）对部分病毒进行筛查。
研究结果如下：
- 高通量测序输出：纳米孔测序共产生约 3000 万条序列读数，质量修剪后的读长在 436 - 527 核苷酸（nt）之间，平均读长为 495。
- 注释概述：经分析，16 - 76% 的读数被分类，多数分类读数来自真核生物（宿主），不同样本类型（鼻拭子和血清）的病毒组成存在差异。在鼻拭子中，多数病毒读数属于正疱疹病毒科（Orthoherpesviridae），如马疱疹病毒（EHV-2 和 EHV-5）；血清样本中，除 DNA 病毒外，还鉴定出一些 RNA 病毒，如黄病毒科（Flaviviridae）的病毒。
- 具体病毒研究：
- 黄病毒科（Flaviviridae）：在发热马匹的血清样本中检测到 pegivirus 属病毒，通过进一步测序获得其完整编码区，与 GenBank 中已有的序列相似度较高，系统发育分析表明其与 Pegivirus caballi 聚类。
- 圆环病毒科（Circoviridae）：在 3s 样本池中鉴定出与马圆环病毒 1（EqCV1）匹配的序列，其编码的衣壳蛋白与 GenBank 中唯一的 EqCV1 序列相似度极高。
- 细小病毒科（Parvoviridae）：在血清样本和一个鼻拭子样本池中发现马杯状细小病毒（eqCopV），获得其完整编码基因组序列，与 GenBank 中其他马杯状细小病毒基因组相似度为 92 - 94%，系统发育分析表明其属于 Copiparvovirus ungulate7 物种。
- 指环病毒科（Anelloviridae）：在多数血清样本池中检测到扭矩马细环病毒 1（TTeqV1），并获得其完整基因组，与美国发现的 TTeqV1 基因组相似度高达 98.6%。
- qPCR 筛查：对 TTeqV1、eqPgV、eqCopV 和 eqCV1 进行 qPCR 筛查，发现病毒阳性血清样本比例较低（1.6% - 9.4%），多数样本仅检测到一种病毒，少数存在共感染情况。
研究结论和讨论部分指出，此次研究发现了多种在瑞典马群中传播的病毒，其中一些病毒此前在瑞典或欧洲尚未被检测到，并且对部分病毒进行了基因特征分析。不过，目前还不清楚这些病毒是否会单独或通过共感染导致马匹患病，因为许多被检测到的病毒在其他物种中也普遍存在，且与疾病状态无关。但这项研究为后续工作奠定了重要基础，其提供的病毒遗传信息十分宝贵，有助于开发更完善的检测方法，开展更大规模的流行率研究，进而评估这些病毒对马属动物群体的潜在影响，最终为提升马匹福利贡献力量。它就像一把钥匙，为我们打开了深入了解马属动物病毒世界的大门，让我们朝着更好地保护马匹健康的目标又迈进了一步。
