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为探究肺炎支原体(M. pneumoniae)序列类型分布及耐药性,荷兰研究人员展开研究,发现菌株多样且耐药性低。
在呼吸道疾病的大舞台上,肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,M. pneumoniae)是引发社区获得性肺炎(Community - acquired pneumonia,CAP)的常见 “反派”,每隔 2 - 7 年就会在不同地区掀起区域爆发的 “小高潮” 。在荷兰,自 2011/2012 年冬季全国性爆发后,M. pneumoniae 的检出率一直处于相对较低的水平。然而,2023/2024 年冬季,情况却发生了变化,荷兰医学微生物学实验室检测到的 M. pneumoniae 数量急剧增加。但当时,既没有对 M. pneumoniae 进行分型,也未确定针对首选治疗药物大环内酯类抗生素的耐药性情况。
为了深入了解这场肺炎支原体引发的 “风波”,来自荷兰 Maasstad 医院、国家公共卫生与环境研究所等多个机构的研究人员 Pieter W. Smit、Dirk Eggink 等决定开展一项研究。他们的研究成果发表在《Scientific Reports》上,这一研究对于认识肺炎支原体的传播规律和治疗策略的制定有着重要意义。
研究人员采用了多种关键技术方法。在样本来源上,收集了来自三个不同渠道的 M. pneumoniae 阳性样本,这些样本代表了不同疾病严重程度:一是来自参与监测系统 Infectieradar 的自我报告患有急性呼吸道感染(ARI)的社区居民的样本;二是来自 Nivel 初级保健数据库中因 CAP 或其他急性呼吸道感染(ARI)就诊于全科医生(GP)的患者样本;三是来自鹿特丹两家地区医院住院的 CAP 患者样本。在检测分析方面,使用商业实时 PCR 检测、内部开发的实时 PCR 检测或 BIOFIRE? FILMARRAY? 肺炎检测面板对样本进行检测,对阳性样本进一步提取 DNA,进行多区域测序分析,包括多位点序列分型(MLST)和 23S rRNA 区域测序以确定大环内酯类耐药标记 。
研究结果主要从以下几个方面展开:
- 样本测序情况:研究共纳入 209 份 M. pneumoniae 阳性咽拭子和 / 或鼻拭子样本,其中 158 份(76%)成功测序,未成功测序的样本主要是因为细菌载量低(循环阈值(Ct)值 > 35)。在成功测序的样本中,154 份(97%)成功进行 MLST 分型,153 份(96.8%)确定了基因型大环内酯类耐药性 。
- 序列类型:研究共检测到 6 种不同的序列类型(ST),未发现新的 ST。通过构建最小生成树分析发现,不同来源样本(社区、GP 就诊患者、住院患者)的 ST 分布没有明显差异 。
- 大环内酯类耐药性:对 153 份样本的 23S rRNA 区域进行测序,仅 1 份样本(ST3,GP 诊断为 CAP 的患者)出现已知耐药标记(A2058G),表明在研究人群中基因型大环内酯类耐药性极少存在。
在研究结论和讨论部分,此次研究针对 2023/2024 年荷兰 M. pneumoniae 阳性住院患者和 GP 诊断的 CAP 患者数量增加的情况展开。研究发现,荷兰此次 M. pneumoniae 的爆发是由多种序列类型引起的,不同临床环境中均检测到多种 MLST 谱型,且未发现特定序列类型与疾病严重程度之间存在关联 。虽然在其他国家,如中国和日本,相同的 ST 与大环内酯类耐药性存在关联,但在荷兰的研究中并未得到证实。这可能与不同国家大环内酯类抗生素治疗 M. pneumoniae 感染的使用频率差异有关。在欧洲,大环内酯类耐药的 M. pneumoniae 比例目前仍然较低,因此研究数据表明,在荷兰乃至欧洲,在未进行 CAP 病因诊断检测或已确诊为 M. pneumoniae 肺炎但阿莫西林治疗失败的情况下,大环内酯类药物仍是不错的二线选择 。
不过,该研究也存在一定的局限性。例如,研究未能采用更具区分度的分型方法,如培养结合全基因组测序;医院样本的选择存在一定局限性,且所有样本的诊断均依赖 PCR 分子检测,无法区分无症状定植和症状性感染;研究仅分析了有呼吸道症状的人群,未涉及 M. pneumoniae 感染的肺外表现。但总体而言,该研究对于了解荷兰 2023/2024 年 M. pneumoniae 爆发期间的大环内酯类耐药水平和 ST 分布情况具有重要价值,为临床治疗和公共卫生防控提供了关键依据。