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为探究长链非编码 RNA（lncRNAs）及其邻近 mRNA 在系统性红斑狼疮（SLE）发病机制中的作用，研究人员开展相关研究，发现多个关键分子，为 SLE 研究提供新方向。
系统性红斑狼疮（Systemic Lupus Erythematosus，SLE）是一种令人棘手的自身免疫性疾病，它就像一个隐藏在身体里的 “破坏者”，会对身体各个器官发起攻击，严重威胁患者的健康，甚至危及生命。目前，虽然知道 SLE 的发病和多种因素有关，像环境因素、病毒感染、自身抗体等，但是对于长链非编码 RNA（Long non-coding RNAs，lncRNAs）及其邻近信使 RNA（messenger RNAs，mRNAs）在 SLE 发病机制中的具体作用，科学家们还没有完全搞清楚。这就好比在探索 SLE 这个神秘迷宫时，这部分的地图还是模糊不清的。为了填补这一空白，来自吉林大学第一医院的研究人员展开了深入研究，相关成果发表在《Arthritis Research 》上。这一研究为理解 SLE 的发病机制提供了新的视角，有望为未来的诊断和治疗开辟新的道路。
研究人员主要采用了以下几种关键技术方法：一是高通量测序技术，对 SLE 患者的外周血单个核细胞（Peripheral blood mononuclear cells，PBMCs）进行分析，获取 lncRNAs 和 mRNAs 的表达数据；二是进行差异分析、基因本体（Gene Ontology，GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）分析，挖掘差异表达基因的功能和相关信号通路；三是利用定量实时聚合酶链反应（Quantitative real-time PCR，qRT-PCR）对部分差异表达的 lncRNAs 和 mRNAs 进行验证 。研究样本来自吉林大学第一医院收治的 50 例 SLE 患者和 40 例健康对照者。
下面来看看具体的研究结果：
- SLE 患者 PBMCs 中 lncRNAs 的表达谱：通过高通量测序分析 SLE 患者和健康对照者 PBMCs 中 lncRNAs 的表达谱，研究人员发现了 419 个差异表达（Differentially expressed，DE）的 lncRNAs，其中 241 个上调，178 个下调。而且，超过 67% 的差异表达 lncRNAs 属于 lincRNA 和 intronic_lncRNA。还找出了 10 个调控最明显的 lncRNAs，如上调最显著的 LNC_005556 和下调最显著的 LNC_000099，它们可能在 SLE 发病中发挥重要作用。
- SLE 患者 PBMCs 中邻近 DE mRNA 的表达谱：为了进一步探究差异表达 lncRNAs 的潜在功能，研究人员分析了其邻近的差异表达 mRNAs。结果发现了 337 个差异表达的邻近 mRNAs，其中 234 个上调，103 个下调。最显著上调的 mRNA 是 LTF，最显著下调的是 CIRBP，它们可能与 SLE 患者的反复感染、光敏感性等有关。
- GO 和 KEGG 分析：对邻近差异表达 mRNAs 进行 GO 分析，发现免疫效应过程、防御反应和代谢过程等可能参与 SLE 发病机制。KEGG 分析则显示，上调的 mRNA 主要参与百日咳、金黄色葡萄球菌感染和细胞因子 - 细胞因子受体相互作用等通路；下调的 mRNA 主要参与溶酶体、突触小泡循环和亨廷顿病等通路。
- qRT-PCR 验证：通过 qRT-PCR 对部分差异表达的 lncRNAs 和 mRNAs 进行验证，结果与高通量测序分析一致，证明了测序数据的可靠性。
- DE lincRNAs/antisense DE lncRNAs 及其邻近 DE mRNAs 的分析：研究人员分析了差异表达的 lincRNAs 和反义 lncRNAs，发现 XLOC_185773 附近的编码基因最多，且与 HARS 表达正相关；LNC_005556 可能正向调节 IGLL5。此外，XLOC_185773 与外周血淋巴细胞计数呈负相关，LNC_005556 与狼疮肾炎的发生呈负相关。
在研究结论和讨论部分，此次研究通过高通量测序，在 SLE 患者中鉴定出差异表达的 lncRNAs 及其邻近差异表达的 mRNAs，这有助于解释 SLE 患者光敏感性和感染等易感因素相关的分子机制。研究强调了补体系统和炎症介质，如 C1qA、C1qB、C1qC、NLRP3 和 CXCL6 在 SLE 中的重要性，同时发现患者的感染应激防御通路上调。对 lincRNAs 邻近基因的分析突出了 HARS、DEFA、IFITM 和 IGLL5 作为进一步探索 SLE 发病机制的潜在靶点。此外，研究还发现了 XLOC_185773 和 LNC_005556 这两个显著上调的 lncRNAs，它们分别调节 HARS 和 IGLL5，并且分别与外周血淋巴细胞减少和狼疮肾炎呈负相关。这些发现为 SLE 的病理学研究提供了更深入的见解，还提出了潜在的生物标志物，对 SLE 的早期诊断和治疗具有重要意义。不过，该研究也存在一些局限性，如研究人群来自特定地区，可能影响结果的普遍性；对部分实验未在 Raji 细胞系中进行；对鉴定出的差异表达 lncRNAs 的功能验证不足等。后续研究可以针对这些不足展开，进一步深入探索 SLE 的发病机制。
