NicheNet：精准解析细胞间配体 - 受体互作的卓越工具

为解析配体 - 受体（Ligand–receptor）互作调控机制，研究人员开发 NicheNet 分析流程，助力科研。

　　配体 - 受体（Ligand–receptor）相互作用是细胞间通讯和信号传导的基本机制。NicheNet 是一种成熟的计算工具，可推断可能调节受体细胞群体基因表达变化的配体 - 受体相互作用。原始文献深入探讨了算法及其验证，而本文则介绍了基于四年经验和用户反馈总结出的最佳实践工作流程。从输入的单细胞表达矩阵开始，介绍了 “不区分信号发送方（sender-agnostic）” 的方法，该方法考虑整个微环境中的配体；以及 “聚焦信号发送方（sender-focused）” 的方法，该方法仅考虑特定细胞群体的配体。作为输出，用户将获得一份经过优先级排序的配体及其潜在靶基因的列表，以及多种可视化结果。文中还介绍了 NicheNet v2 的进一步发展，在其中更新了数据源，并实施了对细胞类型特异性配体 - 受体对进行优先级排序的下游程序。虽然标准的 NicheNet 分析运行时间不到 10 分钟，但用户通常需要额外花费时间来确定最适合其生物学问题的方法和参数。本文通过描述适用于病例对照和细胞分化研究等常见实验设计的最佳工作流程，为这一决策过程提供帮助。最后，除了逐步介绍代码外，还提供了包装函数，使分析能够通过一行代码运行，从而满足不同计算水平用户的需求。