重新审视志贺氏菌（Shigella）与大肠杆菌（Escherichia coli）的分类关系：基因组分析带来的新认知

为探究Shigella与Escherichia物种遗传关系，研究人员经多种分析，发现Shigella应归为E. coli亚种。

　　传统上，志贺氏菌（Shigella）被归类为不同的属，但近期基因组分析表明，志贺氏菌物种可能是大肠杆菌（Escherichia coli）的致病克隆。在这项研究中，研究人员通过全面的系统发育基因组学和分类学分析，探究了志贺氏菌与大肠杆菌物种之间的遗传关系。从基因库（GenBank）中检索了这两个属内所有有效命名物种的基因组数据集，并采用了多种方法，包括 16S rRNA 基因序列分析、数字化 DNA - DNA 杂交（dDDH）、平均核苷酸同一性（ANI）、基因组 BLAST 距离系统发育（GBDP）以及保守蛋白百分比（POCP）。这些结果揭示了志贺氏菌物种与大肠杆菌之间存在高度的遗传相似性，ANI 值超过 96%，dDDH 值高于 70%，这表明志贺氏菌物种与大肠杆菌属于同一物种。基于全基因组序列和核心基因构建的系统发育树，进一步证实了这些类群之间密切的进化关系。此外，这些分析对Atlantibacter hermannii和Pseudescherichia vulneris的重新分类提出了挑战，支持将它们保留在大肠杆菌属内。基于这些发现，研究人员提议将志贺氏菌物种重新分类为大肠杆菌的亚种，并建议重新审视其他相关物种的分类地位。