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为提升果糖基转移酶(SucC)催化效率,研究人员增强其活性位点亲水性微环境,发现 C66S 突变可提高催化效率。
在生命的微观世界里,酶就像一个个勤劳且精准的 “小工匠”,在各种生物过程中发挥着至关重要的作用,它们参与生物体内的化学反应,就如同精密的机器一般,推动着生命活动的有序进行。不仅如此,酶在生物技术领域也是大显身手,从食品工业中制作美味的乳制品,到医药领域助力药物研发,再到环境修复中帮助清理污染物,酶的身影无处不在。然而,随着各个行业对酶的需求日益增长,如何让这些 “小工匠” 变得更加高效,成为了科研人员们关注的焦点。
酶的催化活性受到多种因素的影响,其中活性位点周围的微环境起着关键作用。就像一个工匠的工作效率会受到周围环境的影响一样,酶的活性也会因为其所处的 “微环境” 而发生变化。在众多影响因素中,亲水性和疏水性的平衡尤为重要。但是,目前增加活性位点亲水性对酶活性的影响还尚未有明确的报道。
在这样的背景下,德班理工大学(Durban University of Technology)的 Fanzhi Wang、Suren Singh 和 Kugen Permaul 等研究人员展开了深入研究。他们以黑曲霉(Aspergillus niger)的果糖基转移酶 SucC 为研究对象,旨在探究增强活性位点亲水性微环境对其催化效率的影响。该研究成果发表在《Biotechnology Letters》上,为酶工程领域带来了新的思路和方法。
研究人员为了开展这项研究,运用了多种关键技术方法。首先,通过生物信息学分析,预测 SucC 的结构,确定催化位点和保守序列。接着,利用定点突变技术构建 SucC 的突变体,并将突变体在毕赤酵母(Pichia pastoris)GS115 中表达。之后,运用酶活性测定、酶动力学分析以及高效液相色谱(HPLC)等技术,对突变体的催化性能进行表征 。
下面来看看具体的研究结果:
- 黑曲霉 SucC 的结构特征:研究人员对黑曲霉 SucC 的氨基酸序列进行分析,发现其催化位点由 D64、D194 和 E271 组成的催化三联体,这是 GH32 和 GH68 家族糖苷水解酶的典型特征。通过 SWISS - MODEL 建模,得到了 SucC 可靠的三维结构,该结构包含 N 端小结构域、β - 螺旋桨结构域、α - 螺旋连接区和 C 端 β - 三明治结构域,为后续研究奠定了基础。
- 通过生物信息学分析筛选 SucC 突变候选体:为了增强 SucC 催化区域的亲水性,同时尽量不改变活性位点的构象,研究人员对 SucC 催化三联体周围的微环境进行分析。经过层层筛选,最终选定 Cys - 66 进行饱和诱变分析。结果发现,将 Cys - 66 突变为 Ser(C66S)后,对蔗糖的亲和力显著提高,且该突变不会显著改变活性位点的构象,因此选择 C66S 突变体进行进一步研究。
- 蔗糖通道模拟:研究人员对 C66S 突变体和野生型 SucC 的蔗糖通道进行模拟,发现 C66S 突变体的底物通道和产物出口通道的构象结构没有明显变化,这表明 C66S 突变不会影响底物和产物的运输,进一步证实了该突变体的可行性。
- 突变体 C66S 的生化特性:对 C66S 突变体进行生化表征,发现其比活性比野生型 SucC 提高了 61.3%,这意味着在相同条件下,C66S 突变体能够更高效地催化反应。酶动力学参数显示,C66S 突变体对蔗糖的亲和力增加,催化效率(kcat/Km)提高了 1.4 倍,这表明 C66S 突变体在将蔗糖转化为低聚果糖(FOS)的过程中速度更快,能够更有效地催化反应。此外,C66S 突变体的最适反应温度和 pH 与野生型 SucC 相同,但热稳定性有所下降,在碱性环境中的稳定性增强,这为其在不同反应条件下的应用提供了参考。
- C66S 介导更高效的 FOS 生产:通过 HPLC 分析 C66S 突变体和野生型 SucC 催化 FOS 生产的过程,发现 C66S 突变体在反应初期的反应速率明显更快,消耗的蔗糖更多,生成的 FOS 也更多,说明其在 FOS 生产的早期阶段具有更高的生产力。虽然最终两种反应生成的 FOS 总量相似,但 C66S 突变体在生成 DP3(如蔗果三糖)时表现更优,DP3达到最大产量的时间比野生型 SucC 更快,且不改变 FOS 的糖谱,这表明 C66S 突变体在 FOS 生产中具有竞争优势。
研究结论和讨论部分指出,本研究成功构建了 C66S 突变体,该突变体增强了活性位点周围的亲水性,提高了底物亲和力和催化效率,且在 FOS 生产中表现出色,尤其是在反应早期。这一研究成果表明,修饰酶活性位点的亲水性微环境是提高酶催化性能的有效策略,为未来酶工程的发展提供了新的方向。通过这种方法,可以优化更多的生物催化剂,使其在工业生产中发挥更大的作用,降低生产成本,提高生产效率,为相关行业的发展带来新的机遇。