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研究人员为寻找 PPM1D 小分子抑制剂,开展相关研究,鉴定出系列抑制剂,为癌症治疗研究提供新方向。
在癌症研究领域,蛋白磷酸酶,
Mg2+/Mn2+依赖 1D(PPM1D)是一个 “神秘反派”。PPM1D 作为丝氨酸 / 苏氨酸磷酸酶,在 DNA 损伤反应(DDR)和 p53 激活过程中起着关键调节作用。在多种癌症中,PPM1D 通过扩增、C 末端截断突变和过表达等方式被反复激活,它就像癌细胞的 “帮凶”,与肿瘤的晚期阶段、转移潜能、治疗耐药性以及患者死亡率增加密切相关。许多研究表明,抑制 PPM1D 能够阻碍肿瘤生长,或使癌细胞对细胞毒性药物更敏感,因此 PPM1D 成为极具潜力的药物靶点。然而,开发针对 PPM1D 的抑制剂困难重重。丝氨酸 / 苏氨酸磷酸酶因其作为全酶的频繁活性和高度保守的催化结构域,很难用小分子进行选择性抑制。此前虽有研究发现了 PPM1D 的小分子变构抑制剂,如 GSK2830371,但它存在药代动力学方面的局限性,无法进一步推进到临床开发阶段。其他已鉴定的 PPM1D 抑制剂在体内也都没有显示出有意义的活性。在这样的困境下,来自 Broad Institute of MIT and Harvard University 等机构的研究人员决心深入探索,寻找突破。他们的研究成果发表在《iScience》杂志上,为癌症治疗研究带来了新的曙光。
研究人员开展了一系列研究工作。在技术方法上,主要运用了以下几种关键技术:首先是开发了荧光位移分析方法,基于对 GSK2830371 的理解,构建高通量荧光偏振(FP)分析,筛选能与 PPM1D 结合的化合物;其次进行了多种酶学和细胞实验,如利用表面等离子共振(SPR)、荧光素二磷酸(FDP)酶活性分析等评估化合物对 PPM1D 的抑制作用,通过细胞实验研究 PPM1D、DDR 和 p53 的相关变化;还开展了体内评估,建立小鼠模型,对化合物的药代动力学和药效学进行研究。
在研究结果方面:
- 开发荧光位移分析:研究人员开发了一种高通量 FP 分析方法,通过生成重组 PPM1D1-420和荧光标记的 GSK2830371 类似物,筛选出了能有效取代该类似物的化合物 13b - TAMRA,为后续筛选 PPM1D 抑制剂奠定了基础。
- 鉴定、验证和优化 PPM1D 抑制剂:利用优化后的荧光偏振分析方法,对两个化学文库进行筛选,优先对 256 个命中化合物进行验证和测试,最终得到两个具有不同支架的先导系列化合物,并通过结构优化得到了活性更强的化合物,如 BRD4761、BRD5049 等,且 BRD5049 对 PPM1D 具有选择性。
- 基于细胞实验的先导优化:研究人员建立了多种基于细胞的实验方法,包括检测 DDR 蛋白和 PPM1D 底物的去磷酸化、p53 及其转录靶点的激活以及细胞活力的变化。结果表明,先导化合物 BRD4761 在细胞实验中表现出与 GSK2830371 相似的 PPM1D 抑制效果,尽管它们化学结构差异显著。
- 先导化合物的药代动力学特征:鉴于 GSK2830371 药代动力学特性不佳,研究人员对先导化合物进行了体外和体内药代动力学研究。通过一系列体外吸收、分布、代谢和排泄(ADME)实验以及体内小鼠药代动力学研究,发现 BRD6257 在细胞中的效力相对更好,体外 ADME 谱也有所改善,因此选择 BRD6257 进行体内药效学研究。
- 先导化合物的体内药效学评估:研究人员利用 K562 - p21 - ffLuc 细胞系构建体内报告系统,通过生物发光成像实时监测 p53 通路的激活情况。实验结果显示,口服 BRD6257 能够抑制 PPM1D 并激活体内 p53 通路,其效果与 GSK2830371 相当。
研究结论和讨论部分表明,研究人员成功鉴定出一系列 PPM1D 抑制剂,这些抑制剂具有化学结构独特、对 PPM1D 选择性高、体内有活性以及药代动力学性能有所改善等特点。他们建立的一套体外和体内实验方法,可广泛用于研究 DDR,为深入理解 PPM1D 作为药物靶点提供了重要依据,也为开发针对 DDR 和 p53 通路的药物提供了新的框架。不过,该研究也存在一些局限性,比如筛选库可能不够全面,PPM1D 的结构尚未解析,体内毒性评估不够充分,且未对肿瘤生长进行直接评估等。但总体而言,这项研究为癌症治疗领域开辟了新方向,未来研究人员有望在此基础上进一步优化抑制剂,推动其向临床应用迈进,为癌症患者带来新的治疗希望。