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为探究条石鲷（Pennahia pawak）体色等奥秘，研究人员完成其基因组组装注释，为相关研究提供重要资源。
在奇妙的鱼类世界里，体色如同它们的 “外衣”，色彩斑斓且各具特色，不仅关乎颜值，更与生存息息相关，比如帮助鱼类进行伪装躲避天敌，或是吸引异性。石首鱼科（Sciaenidae）鱼类就是其中的典型代表，它们全球分布广泛，约有 270 种，是重要的食用鱼类，还能发出独特的 “croaking” 声音，在生态系统中发挥着多样的作用。不过，石首鱼科鱼类的体色差异极大，从黑色、黄色到多彩变色，令人称奇。条石鲷（Pennahia pawak）在这个大家族里却独树一帜，它那银白的体色，和其他 “小伙伴” 形成鲜明对比。但遗憾的是，关于条石鲷所在属的基因组信息，一直像神秘的面纱，未被揭开。为了深入了解条石鲷的独特之处，解开鱼类体色变异的谜团，浙江海洋大学的研究人员开展了一项重要研究，相关成果发表在《Scientific Data》杂志上。
研究人员综合运用了多种关键技术。在样本采集上，他们从浙江舟山潮间带（30.65°N，122.78°E）精心采集条石鲷样本，严格按照伦理规范处理样本。测序技术方面，整合了 Illumina 测序、PacBio 环形一致序列测序（CCS）以及 Hi-C 技术，从不同层面获取基因组数据。在分析过程中，借助多种软件进行数据处理、基因组组装和评估，确保研究结果的准确性。
下面来看看具体的研究结果。
- 基因组组装与评估：研究人员通过 Illumina PE150 reads 进行 k-mer 分析，估算出条石鲷基因组大小约为 570.33 Mb，最终组装的基因组大小为 613.02 Mb，与估算值相近。利用 Hi-C 技术成功构建了 24 条染色体，组装率高达 99.31%，Contig N50 为 26.06 Mb，Scaffold N50 为 27.09 Mb 。经过 BUSCO 分析，在 Actinopterygii 单拷贝直系同源基因库中，识别出 3640 个核心基因，其中完整基因占 97.45%，单拷贝基因占 96.57% 。短读长映射率和转录本映射率也都很高，这些数据充分表明条石鲷基因组组装达到了高质量的染色体水平。
- 重复序列注释：研究人员采用同源预测结合从头预测的方法，对条石鲷基因组中的重复序列进行注释。结果发现，重复序列占基因组的 26.20%，其中转座元件（TEs）占 13.42% 。DNA 转座元件占基因组的 6.81%，长散在核元件（LINEs）占 3.03%，短散在核元件（SINEs）占 0.35%，长末端重复序列（LTRs）占 3.23% 。
- 蛋白编码基因预测与注释：研究人员综合运用从头预测、基于同源性预测和基于转录本预测三种策略，预测出 26361 个蛋白编码基因。通过与多个公共蛋白数据库比对，对这些基因进行功能注释，发现 98.19% 的蛋白编码基因得到了注释，仅有 1.81% 的基因未被注释，这说明基因注释结果可靠。
总的来说，条石鲷染色体水平的高质量基因组组装和注释，为深入探究石首鱼科鱼类的演化关系、物种形成机制提供了宝贵的比较基因组学资源。其独特的银白体色一直是研究的焦点，该基因组数据为科研人员剖析体色形成的分子机制奠定了坚实基础，有助于揭示鱼类体色变异在适应环境过程中的重要作用，在鱼类生物学研究领域意义非凡。未来，随着研究的不断深入，有望借助这些基因组数据，进一步挖掘条石鲷生长、发育、免疫等方面的遗传信息，推动鱼类遗传育种和水产养殖产业的蓬勃发展。
